Федот (по-гречески Феодот (Богдан) - Богом данный) родился 26 (15) марта 1732 года в небольшом родовом имении отца, находившемся в Горожанском стане Великолукского уезда Псковской губернии, в дворянской семье, происходившей из старинного рода, берущего начало от Александра Клокоцкого, выехавшего из Польши на Русь еще во времена Великого Князя Василия II Васильевича Темного (в 1446 г. был ослеплен Галицким князем Димитрием Шемякой). Предки адмирала служили воеводами различных русских городов в годы правления царей Ивана Грозного, Михаила Федоровича и Алексея Михайловича Романовых и были записаны в «тысячной книге» лучших дворян и детей боярских (1550 г.).
Родители Федота - Алексей Васильевич и Авдотья Петровна - жили в любви и согласии в своем небольшом деревенском имении. У Федота было два старших сводных брата Леонтий и Герасим, сводная малолетняя сестра Марья да родной брат Алексей. Сводные братья были в Санкт-Петербурге, они избрали военную карьеру. Деревенская же жизнь семьи текла неторопливо по сельскому календарю. В девятилетнем возрасте Федот остался без отца.
Как большинство морских офицеров парусной эпохи флота, Федот на море попал с детства. На первый губернский смотр в Псков братьев Федота и Алексея возил в 1742 году их дядюшка Григорий Васильевич, проживающий в том же Горожанском стане. В результате этого посещения в журнале геральдмейстерской конторы губернской управы появилась запись: «Алексеевы дети Клокачевы - Федот десяти лет и Алексей семи лет - отпущены домой для обучения грамоте до второго смотра…».
Воинская служба в те годы у дворян была делом почетным и обязательным. Потому отпрыски рода Клокачевых служили Отечеству на земле и на море. Не исключением стал и Федот Клокачев, 9 апреля (29 марта) 1745 года в 13-летнем возрасте поступивший в Петербургскую Академию морской гвардии (в 1715 г. учреждена в Санкт-Петербурге. Петр Великий лично следил за ходом обучения своей «морской гвардии» и собственноручно поначалу написал перечень наук, чему должно было «учить детей». Срок обучения составлял шесть лет и девять месяцев).
Военное образование вообще и военно-морское в частности, начиная с Петра I, всегда было делом государственной важности и постоянно находилось под патронажем царя. Однако со смертью Петра I «отлетела душа флота…». Екатерина I (1725-1727), Петр II (1727-1730), Анна Иоанновна (1730-1740) и Иоанн VI (1740-1741) в годы своего правления больше были озабочены личным благополучием и борьбой за власть, чем продолжением политики великого предшественника. Постепенно в России над морским мышлением начало возобладать континентальное, что привело к потере интереса к морскому образованию. Продвижение по службе морских офицеров осуществлялось гораздо медленнее по отношению к выпускникам Сухопутного кадетского корпуса, поэтому дворянство уклонялось от морской службы, отдавая предпочтение службе в армии. Особенно большой урон флоту и военно-морскому образованию был нанесен в период царствования Анны Иоанновны. Достаточно сказать, что уже в 1731 г. количество обучающихся в Академии морской гвардии и Навигацкой школе (Москва) уменьшилось с 830 (при Петре I) до 250 человек, а в 1732 г. выпуск морских офицеров уже не смог покрыть потребностей флота. В 1739 г. в Академии морской гвардии обучалось всего 37 человек. Иностранцы, проникшие в государственный аппарат и во флот, в особенности в период бироновщины, не только не заботились о флоте, но фактически нанесли ему колоссальный вред. Морское ведомство зачастую не имело средств на самые необходимые расходы. Начало возрождения флота и военно-морского образования связано с правлением дочери Петра I Елизаветы Петровны (1741-1761), которая повелела «все состоявшиеся при Петре Великом указы и регламенты наикрепчайшее содержать и по ним неотложно поступать…». При этом обществом начала осознаваться прежняя роль военно-морского флота во внешней политике России, а это, в свою очередь, привело к необходимости повышения качества образования морских офицеров.
В таких трудных переходных условиях формировался и закалялся характер Ф.А.Клокачева. Через год 20 (9) апреля 1746 года он стал гардемарином, ежегодно на кораблях Балтийского флота проходил летнюю практику, в том числе участвовал в переходе до Архангельска и обратно.
10 января 1752 года (31 декабря 1751 года), за год до преобразования Академии морской гвардии и Навигацкой школы в Морской шляхетский кадетский корпус (26 (15) декабря 1752 г.), Ф.Клокачев досрочно был выпущен из Академии морской гвардии с присвоением ему первого офицерского чина - мичман. Часть непройденного курса наук молодому офицеру Ф.Клокачеву предстояло изучить самостоятельно. Кстати, это говорит о том, что Адмиралтейств-коллегия верила в его способности, а досрочный выпуск диктовался острой нехваткой морских офицеров в возрождающемся флоте Российской империи.
В лето 1754 г. он вторично участвовал в переводе вокруг Скандинавии нового военного судна из Архангельска в Кронштадт, а 1 октября (20 сентября) этого же года был произведен в унтер-лейтенанты артиллерии (было и такое звание в те времена).
Летом 1755 г., командуя пакетботом «Лебедь» (пакетбот - небольшое 2-3-мачтовое парусное судно водоизмещением 200-
400 т и с командой, не превышающей 100 человек. На вооружении имело несколько пушек), Ф.Клокачев совершал плавание по Балтийскому морю, дважды осуществляя переход по маршруту Кронштадт - Данциг - Кронштадт. Это была его первая самостоятельная командирская должность.
7 апреля (27 марта) 1757 года он стал корабельным секретарем, а 1 февраля (21 января) 1758 г. был произведен в лейтенанты. В августе 1761 г. по приказу командующего осадным корпусом прусского города Кольберга генерал-лейтенанта П.А.Румянцева из экипажей русских кораблей был сформирован морской десант в составе 2012 человек при 51 мортире и 19 пушках. Командовать силами десанта был назначен опытный морской офицер командир 80-пушечного линейного корабля «Андрей Первозванный» капитан 1 ранга Г.А.Спиридов. В составе десанта командовал ротой лейтенант Ф.Клокачев. При взятии Вундашевой батареи на правом берегу реки Персанта у Кольберга он в составе небольшой группы моряков, возглавляемой Г.А.Спиридовым, бросился к одному из вражеских орудий, в упор стрелявших по русским морякам. Изрубив прислугу орудия, моряки повернули его в сторону неприятеля и открыли огонь. Но положение осаждающих осложнилось с подходом прусских войск (около 12 тыс. человек) под командованием генерал-лейтенанта Платена. Из-за начавшихся штормов флот в сентябре-октябре вынужден был оставить Кольбергский рейд. Основная часть войск десанта была возвращена на корабли. С прибытием подкрепления к П.Румянцеву русские войска вплотную подошли к крепости и 16 (5).12.1761 г. гарнизон Кольберга капитулировал.
К сожалению, в конце этой войны прусского короля Фридриха II  спасло случайное обстоятельство, 16(5) января 1762 г. в день опубликования в Петербурге сообщения о взятии Кольберга, умерла Елизавета Петровна. На престол вступил ярый поклонник прусского короля Петр III, муж будущей императрицы Екатерины II. В тот же день он послал графа Гудовича к Фридриху II с извещением о вступлении на престол и о своем намерении установить вечную дружбу с Пруссией. И действительно, вскоре были заключены между Пруссией и Россией мир и дружественный союз. Петр III не только отказался от всех территориальных приобретений, которые сделала в ходе войны Россия, но и превратился в союзника и спасителя прусского короля. На помощь прусакам против бывшей союзницы России Австрии он послал корпус численностью в 16 тысяч человек. Европа была в недоумении.

 

Такая политика Петра III вызвала недовольство значительной части русского дворянства. 9 июля (28 июня) 1762 года произошел дворцовый переворот, в результате которого Петр III был свергнут с престола, отвезен в Ропшу и там убит.
На русский престол вступила Екатерина II. Она подтвердила мир с Пруссией, но категорически отказалась от союза с ней. С выходом России из войны Семилетняя война продолжалась недолго. 21 (10) февраля 1763г. в Париже был подписан мирный договор.
Семилетняя война явилась хорошей боевой школой для русского военно-морского флота. И хоть в течение этой войны не было морских сражений и боев, в её ходе выросло новое поколение русских моряков, которое в последующие десятилетия изумило весь мир своими блистательными победами на Черном, Балтийском и Средиземном морях.
Перемены власти мало повлияли на служебную деятельность Ф.Клокачева. 21 (10) апреля 1762 г. он был произведен в капитан-лейтенанты и назначен командовать пакетботом «Курьер», осуществляя плавания между Кронштадтом и Кольбергом, закрепляя опыт по морской практике.
1 мая (20 апреля) 1764 г. Ф.Клокачев был произведен в капитаны 2 ранга, а 14 (3) мая его назначили командиром линейного корабля «Город Архангельск» на период летней кампании. В составе Кронштадтской эскадры он осуществлял учебное плавание по Балтийскому морю. Для перевода вновь построенного на Соломбальской верфи фрегата «Надежда» на Балтику, его командиром был назначен Ф.Клокачев, который в летнюю кампанию 1765 г. осуществил переход вокруг Скандинавского полуострова по маршруту Архангельск - Кронштадт. Этот самостоятельный без происшествий переход оказался хорошим экзаменом для Ф.Клокачева, за что он 28 (17) апреля 1766 г. был произведен в капитаны 1 ранга и назначен командиром фрегата «Россия». Ему было поручено ответственное задание по обеспечению безопасности перехода отряда судов, перевозивших из Любека в Кронштадт немецких колонистов, которые переселялись из Германии в Россию (императрица то своя - немка).
В 1768 г Ф.Клокачев принимал участие в плавании Практической эскадры контр-адмирала А.Н.Сенявина по Балтийскому морю от Кронштадта до острова Готланда, командуя линейным кораблем «Северный орел». Это было последнее мирное плавание капитана 1 ранга Ф.Клокачева.
9 февраля (29 января) 1769 г. Ф.Клокачев был назначен командовать во второй дивизии вторым батальоном а, летом, командуя «Северным Орлом», ушел в Средиземное море с эскадрой Г. Спиридова.
Усиление России в середине ХVIII века, в особенности после Семилетней войны, вызвало сильное противодействие со стороны ряда западноевропейских государств, особенно Франции.
Интересы экономического развития России в ХVIII веке настоятельно требовали выхода к Черному морю. Незащищенность южных границ и частые набеги как турок, так и крымских татар с захваченного ими Северного Причерноморья, требовали незамедлительного возврата издавна принадлежавших русским земель, расположенных к северу от Черного моря, да и самого бассейна Черного моря.
Для возобновления исторических связей с Ближним Востоком и средиземноморскими государствами и обеспечения безопасности южных границ необходимо было очистить от турок северное побережье Черного моря. Назревала война с Турцией.
Для реализации этого замысла и развертывания боевых действий против Турции со стороны Средиземного моря Екатерина решила послать часть Балтийского флота в виде двух эскадр в Архипелаг. Россия рассчитывала использовать национально-освободительное движение народов Балканского полуострова против Турции. Граф А.Г.Орлов, находившийся в Ливорно (Италия), должен был организовать восстание греков сразу же после прихода русского флота. Русские десантные отряды совместно с греческими повстанческими отрядами должны были овладеть полуостровом Морея. Дальнейшие военные действия русский флот должен был вести, базируясь на приморские крепости Мореи. Задача, поставленная Балтийскому флоту, была не из легких. На протяжении всей истории русского флота ничего подобного не было. Русским эскадрам предстояло пройти из Кронштадта вокруг Европы через Атлантический океан и Бискайский залив на восток Средиземного моря к Греческим берегам и вместе с армейскими частями начать боевые действия на тыловых коммуникациях противника. Экспедиция получила название «Архипелагской».
Командиром 66-пушечного линейного корабля «Северный орёл», вошедшего в состав Архипелагской эскадры, Ф.А.Клокачев был назначен 9 февраля (29 января) 1769 г. Это была шестая кампания «Северного Орла». Команда корабля была, в целом, хорошо подготовлена, хотя изрядно была пополнена новичками, бывшими в прошлом пастухами, хлеборобами, землепашцами, охотниками, строителями и прочими работными людьми. На переходе в Средиземное море в районе Бискайского залива «Северный Орел» попал в жестокий шторм, в результате чего в бортовых пазах образовались узкие щели, через которые в интрюм (пространство между самой нижней палубой судна и его дном, впоследствии просто трюм) начала обильно фильтроваться морская вода. Непрерывная ее откачка не давала желаемых результатов. Находившийся на корабле младший флагман эскадры контр-адмирал А.В.Елманов принял решение возвратиться в главную английскую базу Портсмут для ремонта. В Портсмуте компанию «Северному Орлу» составили 66-пушечный корабль «Европа» и бомбардирский корабль «Гром». Командиром «Европы» был капитан 1 ранга И.А.Корсаков, у которого обострилась болезнь - чахотка, от которой он 21 (10) января 1770 г. умер. По предложению А.Елманова командиром корабля «Европа» 23 (12) января 1770 г. был назначен капитан 1 ранга Ф.Клокачев.
В период с 22 (11) февраля по 5 апреля (25 марта) 1770 г. «Европа» под флагом контр-адмирала А.Елманова вместе с бомбардирским кораблем «Гром» совершили переход в Восточное Средиземноморье и соединились с эскадрой адмирала Г.Спиридова у южного побережья Греции в Каламитском заливе у блокируемой русскими кораблями турецкой крепости Карон.
С первого дня пребывания в Средиземном море русская объединенная эскадра, командование которой пришлось взять на себя графу А.Г.Орлову из-за разногласий адмирала Г.А.Спиридова с контр-адмиралом Д.Эльфинстоном, командовавшему второй русской эскадрой, настойчиво искала неприятеля. Турецкий флот был обнаружен линейным кораблем «Ростислав» в пять часов вечера, стоящим на якорях между островом Хиос и Анатолийским побережьем Турции за три мили от крепости Чесма. Несмотря на двойное превосходство неприятеля (только линейных кораблей у турок было 16, в то время как у русских их было всего 9), военный совет русской эскадры принял решение о его атаке утром 5 июля (24 июня). В первой линии турецкого флота стояло 10 линейных кораблей (740 пушек) против 9 русских (612 пушек). Русские корабли, принявшие участие в бою, были: «Европа», «Святой Евстафий», «Трех Святителей», «Святой Ианнуарий», «Трех Иерархов», «Ростислав», «Не тронь меня», 84-пушечный «Святослав», «Саратов»; фрегаты: «Надежда Благополучия» и «Африка», бомбардирский корабль «Гром».
В 11 часов утра 5 июля (24 июня) 1770 г. русские корабли начали сближение с турками. Первым в боевой линии шла «Европа», за ней «Святой Евстафий Плакида» под флагом адмирала Г.А.Спиридова. Как только корабли сошлись на пушечный выстрел, турки открыли яростный ураганный огонь по «Европе» и другим кораблям. Однако велся он беспорядочно и никакого вреда не причинил. Но Ф.Клокачев с открытием огня не торопился, ожидая сигнала флагмана. Только сблизившись на пистолетный выстрел, адмирал Г.Спиридов поднял сигнал: «Начать бой с неприятелем!».
При сближении «Европы» с неприятелем по настойчивым требованиям греческого лоцмана Афанасия Марко (во избежание посадки на впереди виднеющуюся мель) Ф.Клокачев вынужден был сделать крутой поворот и выйти из строя. В результате этого маневра флагманский корабль «Святой Евстафий Плачида» очутился впереди. «Поздравляю вас матрозом!» крикнул с мостика Г.Спиридов капитану «Европы», когда «Святой Евстафий Плачида» проходил мимо него: адмирал заподозрил в трусости Ф.Клокачева, не зная настоящей причины отклонения «Европы» от курса. Морской историк этого похода, В. Ф. Головачев, аттестует Ф.Клокачева, как «самого образованного и порядочного человека из тогдашних наших флотских офицеров». Далее В.Головачев пишет, что во время атаки «Парусами он управлял как на маневрах - под градом неприятельских ядер «Европа» 3 раза поворачивала оверштаг и вступала в свое место».
Став головным «Святой Евстафий Плачида» решительно вступил в сражение с турецкими кораблями. Он поджег и взял на абордаж флагманский турецкий корабль «Реал-Мустафа», но горящая мачта турецкого корабля упала на русский корабль, и огонь перешел на «Святой Естафий Плачида»в результате чего оба корабля взорвались. За несколько минут до этого с русского корабля успели снять лишь адмирала Г.А.Спиридова, Ф.Г.Орлова, брата А.Г.Орлова и нескольких человек, которые перешли на пакетбот «Почтальон».
Горящие обломки засыпали турецкие корабли. Мужество оставило турок. Их передние корабли, не выдержав натиска русских, устрашенные двумя взрывами, рубили канаты якорей и беспорядочно, побежали, толкаясь и ломая друг друга, в Чесменскую бухту, расположенную рядом. Было 13.30. Корабль «Три иерарха», на котором находился граф А.Орлов, поднял сигнал общей погони, и русские корабли, тесня отступавшего врага, преследовали его до самого входа в Чесменскую бухту. К двум часам дня сражение закончилось. Русская эскадра блокировала вход в Чесменскую бухту, где беспорядочно столпились вражеские корабли.

 

Вечером 25 июня на совете флагманов и капитанов у А.Орлова по предложению Г.Спиридова было решено уничтожить турецкий флот в ночь на 7 июля (26 июня) брандерами и зажигательными снарядами (брандскугелями). Для уточнения обстановки следует добавить, что ширина бухты Чесмы у входа около 750 метров, а длина её не превышает 800 метров. Турецкий флот стоял, скучено и беспорядочно в глубине бухты, и если вспомнить, что длина корабля была около 54 метров, то можно себе представить, как плотно стояли турецкие корабли по ширине бухты. Они представляли собой идеальный объект для атаки брандерами, и решение русского командования вполне отвечало как обстановке, так и задаче.
Но события пошли таким образом, что Ф.Клокачеву снова пришлось быть передовым во второй фазе Чесменского сражения.
В 1-м часу ночи 7 июля (26.06) корабли С.Грейга начали занимать места по диспозиции. Линейные корабли под огнем противника вошли в бухту и стали на якорь. Фрегаты направились для подавления огня береговых батарей на северном и южном мысах у входа в бухту. «Гром» занял позицию мористее линейных кораблей.
Первым по устному приказанию (через рупор) адмирала Г.Спиридова подошел к турецкому флоту и стал на якорь линейный корабль Ф.Клокачева «Европа». В течение получаса он вел бой со всем турецким флотом, выпустив более 610 бомб и брандскугелей различных калибров. Корабль получил 14 пробоин в борту. Потери от ответного огня противника составили 9 раненых. Около 1 часа ночи в результате артиллерийского огня русских кораблей, стрелявших преимущественно брандскугелями, на некоторых турецких кораблях возникли пожары; вскоре пожар распространился и на другие корабли.
В начале 2-го часа по сигналу с линейного корабля «Ростислав» в атаку пошли 4 брандера, из них только брандер лейтенанта Д.
Ильина сцепился с турецким кораблем и вызвал на нем пожар. Один брандер сел на мель, другой был потоплен артиллерийским огнем турецких кораблей, третий сцепился с горевшим кораблем. К 3 часам пожар на турецких кораблях стал всеобщим. Русские корабли прекратили огонь. «Европа» оставалась в гуще сражения до самого конца и лишь под утро (в 4-м часу) Ф.Клокачев по распоряжению Г.Спиридова через лейтенанта Карташева, прибывшегео на шлюпке, отвел свой корабль мористее.
Турецкий флот, основные силы которого были уничтожены в сражении при Чесме, не смог оказать помощи своим войскам в Крыму и на Дунае.
За Хиосский бой Ф.Клокачев был награжден орденом Святого Георгия IV степени (за мужество и храбрость, проявленную в Чесменском сражении по высочайшему указу от 22 февраля (по ст. ст.) 1773 года) и орденом Святого Георгия III степени за уничтожение турецкого флота в Чесменской бухте (7 декабря (26 ноября) 1775 г. за отличие в Чесменском сражении со старшинством с 7 июля (26 июня) 1770 г.). Кроме него два ордена Святого Георгия за эти 2 баталии заслужил лишь командир 66-пушечного корабля «Три Святителя» капитан 1 ранга С.П.Хметевский.
В 1771 г. флагманский корабль «Европа» под командованием Ф.Клокачева крейсировал у входа в пролив Дарданеллы, а осенью он принимал активное участие в нападении на турецкую крепость Митилена. 15(4).11.1771 г. здесь были уничтожены адмиралтейство, два 74-пушечных корабля и галера, взято до 20 мелких судов.
19 (8) июля 1776 г. Ф.Клокачев был произведен в капитаны генерал-майорского ранга, а 20 (11) июля этого же года его произвели по баллотировке в контр-адмиральский чин. 30 (19) июля 1776 г. Ф.Клокачев был назначен командующим Азовской флотилией вместо адмирала А.Н.Сенявина (создателя этой флотилии), уволенного в длительный отпуск по болезни. 24 (13) августа этого же года Адмиралтейств-коллегией был подготовлен для Ф.Клокачева указ, в котором ему предписывалось, что он назначен командовать Азовской флотилией с задачами: определения пригодности судов флотилии к несению службы и потребность флотилии в укомплектовании ее новыми судами, оценить запасы корабельного леса на берегах Дона, выяснить положение с провиантом и заготовить запасы его на 6 месяцев, оценить потребность укомплектования флотилии личным составом, определить состояние и удобство Таганрогского порта.
Однако турки не отказались от мыслей о реванше и располагали для этого достаточными силами, в том числе и флотом. Поэтому 12 октября 1776 г. Екатерина II повелела все суда Азовской флотилии к весне привести в пригодность для службы, что и Ф.Клокачевым было исполнено.
В сентябре 1778 г. вместе с войсками генерал-поручика А.В.Суворова 28 судов Азовской флотилии во главе с Ф.Клокачевым без применения оружия не допустили высадки в Феодосийском заливе крупного турецкого десанта и вынудили более 170 турецких кораблей и судов покинуть залив.
Ф.Клокачева все больше и больше донимал недуг, о котором он постоянно напоминал. 24 (13) февраля 1780 г. Екатерина II предоставила ему 2-х годичный отпуск с сохранением жалования для госпитального лечения и восстановления подорванного здоровья. Флотилию он передал контр-адмиралу П.А.Косливцеву, командиру Таганрогского порта.
В то же время отношения с Блистательной Портой из-за этого ухудшались, поскольку решался вопрос и о Крыме. В этих условиях для управления всеми силами на Черном море необходим был человек, достаточно опытный, чтобы он мог командовать будущим флотом, как в мирное время, так и в условиях военного времени. Таким человеком Екатерина II избрала Ф.Клокачева, по своим организаторским способностям, опережавшего многих своих современников. После отпуска 28 (17) мая 1782 года она причислила его ко 2-й флотской дивизии и определила в «присутствие» в Адмиралтейств-коллегию, а 9 июля (28 июня) этого же года он был произведен в вице-адмиралы и назначен членом коллегии.
Но в коллегии Федоту Алексеевичу пришлось «присутствовать» недолго. Уже 22 (11) января 1783 года он был назначен командующим флотом, заводимым на Черном и Азовском морях с подчинением наместнику императрицы в южных губерниях страны вице-президенту Военной коллегии, генерал-аншефу светлейшему князю Г.А.Потемкину. В указе было сказано: «Для командования заводимым флотом Нашим на Черном и Азовском морях повелеваем тотчас отправить Нашаго вице-адмирала Клокачева, которому для принятия подробных наставлений явиться у Нашего генерала новороссийского и азовского генерал-губернатора Потемкина…».
15 (4) февраля 1783 г. Ф.Клокачев срочно выехал из Петербурга в Таганрог для принятия дел и вступления в должность. 21 (10) апреля этого же года на фрегате он прибыл в Керчь, где базировались лучшие суда Азовской флотилии, и стал их готовить для перехода в Ахтиарскую (Севастопольскую) бухту. По этому поводу приказ Потемкина от 2 февраля (24 января) 1783 г. гласил: «При настоящем поручении командования над флотом, на Черном и Азовском морях находящимся, весьма нужно скорее ваше туда отправление, чтобы, приняв в ведомство ваше состоящие там корабли и прочие суда, идти в море могут, снабдить их всем потребным к предпринятию немедленного плавания. Собрав ото всюду теперь находящиеся, кроме тех, кои нужны для примечания в Керченском проливе, имеете войти со всеми в гавань Ахтиарскую, где командующий войсками в Крыму господин генерал-поручик и кавалер граф Де-Бальмен сильной учинил отряд как ради охранения, так и для производства тамошних укреплений. Прилежно осмотря все суда, если найдете которые неспособны для военных действии, таковые можете отправить в Херсон в ведомство господина генерал-поручика и кавалера Ганнибала для обращения в транспортные и употребление таковых на доставление вам из Херсона провизии и амуниции, ваше превосходительство, по части должны иметь сношение с господином генерал-поручиком и кавалером графом Де-Бальменом согласно распоряжениям, движения, кои нужны будут по обстоятельствам содействованы флотом. В прочем искусство и усердие вашего превосходительства к Ее Императорского Величества службе столь известны, что не остается сумневаться о возможном сбережении людей и о предосторожности от язвы, часто в том краю бываемой. Я рекомендую вашему превосходительству стараться ласковым обращением с тамошними жителями приобресть их доверенность. Сие подаст вам способ чрез них часто узнавать о состоянии турецких морских сил; в каком же состоянии и числе найдете вы вашу команду, извольте немедленно отрапортовать».
В это же примерно время Г.Потемкин написал письмо Екатерине II в котором сообщал: «Я, матушка, прошу воззреть на здешнее место (Севастопольская гавань) как на такое, где слава твоя оригинальная и где ты не делишься ею с твоими предшественниками; тут не следуешь по стезям другого…».
Весной этого же года крымский хан Шагин-Гирей сложил с себя ханство. Екатерина II незамедлительно воспользовалась этим моментом и 19 (8) апреля 1783 г. подписала манифест о присоединении Крымского полуострова, острова Тамани и всей Кубанской стороны к России. Крым стал российским краем. Ф.Клокачев поторопился перевести часть судов Азовской флотилии в Ахтиарскую бухту, до возможного вмешательства Турции.
13 (2) мая 1783 г. отряд судов под его командованием благополучно прибыл в бухту, недалеко от которой располагалась татарская деревня Ахтиар, чем и положил начало Севастопольского порта. Этот день считается днем рождения Черноморского флота Российской империи.
Вот как охарактеризовал Ф.Клокачев в письме от 18 (7) мая Севастопольскую бухте: «Из Керчи я с эскадрою отправился в поход самого того ж 26 числа, как к вам в последний раз писал оттуда, в Ахтиарскую гавань пришел сего мая 2 благополучно, о которой могу вам объявить, подобной еще гавани не видал, и в Европе действительно таковой хорошей нет; вход в сию гавань самый лучший, натура сама разделила бухту на разные гавани, т. е. военную и купеческую; довольная в каждом лимане глубина, положение ж берегового места хорошее и надежно к здоровью, словом сказать лучше нельзя найти к содержанию флота место…». В свою очередь в письме императрице от 24 (13) июня об этом Г.Потемкин писал так: «…Не описываю о красоте Крыма, сие бы заняло много время, оставляя для другого случая, а скажу только, что Ахтиар лучшая гавань в свете. Петербург, поставленный у Балтики, - северная столица России, средняя - Москва, а Херсон Ахтиарский да будет столица полуденная моей Государыни. Пусть посмотрят, который Государь сделал лутчий выбор…».
17 (6) мая вице-адмирал Ф.Клокачев донес в Адмиралтейств-коллегию о прибытии кораблей в Ахтиарскую бухту и сообщил, что по приказанию Г.Потемкина он отправляется в Херсон для руководства строительством кораблей. 19 (8) мая он передал командование эскадрой младшему флагману контр-адмиралу Ф.Ф.Мекензи (тому самому, который командовал одним из брандеров в Чесменском сражении), а сам убыл в Херсон для налаживания заглохшего судостроения.
К осени 1783 года Ф.Клокачев сумел наладить в Херсоне судостроение, а 27 (16) сентября произвел спуск с эллинга на воду первого 66-пушечного корабля «Слава Екатерины», подлежащего оснастке и вооружению в Глубокой Пристани Днепровского лимана. К сожалению, начавшаяся эпидемия чумы все работы на верфи и в порту приостановила.
8 ноября (27 октября) 1783 г. вице-адмирал Ф.А.Клокачев на 51 году жизни скончался в Херсоне от «моровой язвы». По данным флотского историка капитана 1 ранга С.Горбачева вице-адмирал Ф.Клокачев был похоронен в загородном овраге, ставшем братской могилой для многих погибших от этой болезни. Его хоронили «по чумному обряду» - без людных проводов, траурных речей, ружейного салюта. В похоронах по этому обряду участвовали: лейтенант А.Ф.Клокачев, адъютант отца (впоследствии тоже вице-адмирал); капитан 2 ранга Ф.Ф.Ушаков, почитатель его заслуг; слуга адмирала, флотский священник и два морских служителя.
14 (3) июня контр-адмирал Ф.Ф.Мекензи, руководствуясь указаниями Ф.Клокачева, осуществил закладку на западном побережье Южной бухты первых строений - своего дома, морской церкви, пристани и кузницы. А ровно через 70 лет на долю Севастополя выпадут тяжелые испытания в Крымской войне 1853-1856 гг.
В июле 2000 года XV сессия Севастопольского городского Совета приняла решение о наименовании западного берега Артиллерийской бухты Севастополя именем Федота Клокачева. А13 мая 2001 года в день 218 годовщины со дня основания Черноморского флота в начале набережной в Артиллерийской бухте был торжественно открыт памятный знак Ф.А.Клокачеву, проект которого выполнил Заслуженный архитектор Украины А.Л. Шеффер.