С момента создания Наркомата ВМФ в 1938 году все хозрасчетные и наиболее крупные бюджетные судоремонтные предприятия (СРП) находились в ведении технических отделов (ТО) флотов, которые, в свою очередь, были подчинены начальнику тыла флота, координирующему все вопросы, связанные с материальным обеспечением.
Финансовое обеспечение и контроль осуществлялись финансовыми органами ВМФ через Техническое управление (ТУ) ВМФ. Для руководства СРП в составе Технического управления существовал Отдел производственных предприятий.
Такая структура управления производственными предприятиями сохранялась практически неизменной до 1949 года и имела ряд существенных недостатков.
Во-первых, при подчинении предприятий непосредственно флотам их загрузка целиком зависела от планов боевой подготовки и оперативных планов командования. В результате этого номенклатурные планы и сроки ремонта часто менялись, что осложняло подготовку производства и внутризаводское планирование. Командование зачастую оказывалось недостаточно компетентно в вопросах производства и, требуя выполнения поставленных задач, не могло квалифицированно помочь в их решении.
Во-вторых, внимание командования флота и военно-морских баз сосредоточивалось на наиболее крупных и технически оснащенных заводах, находящихся в их подчинении. Эти предприятия и загружались основной массой срочных мелких заказов по обеспечению повседневной деятельности флота, в том числе и не имеющих отношения к судоремонту. Одновременно с этим бюджетные предприятия  загружались недостаточно. Все это приводило к нерациональному использованию дефицитных производственных мощностей.
В-третьих, штатная численность 4-го отдела ТУ ВМС составляла всего 9 офицеров и 9 вольнонаемных служащих, а штатная численность аналогичного отделения ТО флота - 2 офицера и 7 служащих. Необходимо отметить, что число предприятий за 10 лет со времени создания Наркомата ВМФ возросло с 15 до 24, а суммарный объем производства с 67,9 млн. руб. до 318,1 млн. руб.
Наконец, в-четвертых, работу предприятий значительно осложняло объединение в одних руках функций заказчика и исполнителя, не способствующее ответственному подходу, как к планированию, так и к исполнению производственных планов.
В условиях острого дефицита практически всех видов материалов, предприятия не закупали их, а обеспечивались за счет выделяемых флотам фондов. При этом материально-техническое снабжение предприятий осуществлялось восемью различными отделами флота.
Впервые о переподчинении крупных СРП ВМС непосредственно центру вопрос был поставлен в мае 1946 г. начальником ТУ ВМС инженер-контр-адмиралом А.Н. Савиным, который предложил выделить из системы флотов и подчинить непосредственно ТУ отдельные наиболее крупные СРП, которые «по своему масштабу переросли рамки местного значения и приняли общефлотский характер»
Решить вопрос о централизованном управлении судоремонтными предприятиями неожиданно помогли крупные неприятности, привлекшие внимание Совета Министров к судоремонтным предприятиям ВМС. Проверка состояния сухих и плавучих доков ВМС, произведенная Министерством Государственного Контроля СССР, в 1949 году выявила, что «доки во флотах и флотилиях ВМС находятся в крайне запущенном состоянии». Принятое Постановление СМ СССР по обеспечению судоремонта ВМС разрешало Министерству Вооруженных Сил организовать в ВМС Управление судоремонтных предприятий и доков.
В соответствии с Постановлением Правительства Отдел производственных предприятий ТУ ВМС переформировывался в Управление судоремонтных предприятий и доков (УСПиД) ВМС. После создания в 1950 году Военно-Морского Министерства, в его составе появилась специальная должность - заместитель Военно-Морского министра по судоремонту, на которую был назначен инженер-контр-адмирал  И.Г. Миляшкин. УСПиД перешло в его подчинение. Начальником Управления судоремонтных предприятий и доков был назначен инженер-контр-адмирал А. И. Курдюков.
Деятельность УСПиД принесла положительный результат. Значительно улучшилось планирование деятельности предприятий, их материально-техническое снабжение. Однако, вывод заводов из подчинения флотов, видимо, вызвал определенное сопротивление, что и предопределило временный отказ от централизованного управления предприятиями. Постановлением Правительства от 30 июля 1951 г. «О мероприятиях по судоремонту и развитию СРП ВМС» судоремонтные предприятия вновь были подчинены командующим флотами. В непосредственном подчинении УСПиД остались лишь Кронштадтский морской завод, СРЗ № 180 в г. Ленинграде и СРЗ № 37 в Киеве.
Между тем поиски наиболее оптимальной структуры управления военным судоремонтом продолжались. Так, уже в декабре 1951 г. УСПиД было реорганизовано в Управление судоремонта ВМС. В августе 1952 г. Управление судоремонта вошло в состав Главного технического управления ВМС. Такая организация просуществовала до апреля 1954 года.
В приказе ГК ВМС «О мероприятиях по улучшению руководства судоремонтными заводами Военно-Морских сил, эксплуатации кораблей и вооружения» было отмечено, что важнейшим условием поддержания постоянной боевой готовности флотов и флотилий является своевременный и качественный ремонт кораблей и судов. Однако эти вопросы решаются на флотах плохо, и разрыв между потребностями в судоремонте и его выполнением продолжает увеличиваться.
В целях коренного улучшения руководства деятельностью судоремонтных заводов ВМС эксплуатации кораблей, артиллерийского и минно-торпедного вооружения Министерства обороны СССР принято решение реорганизовать центральные органы, ведающие судоремонтом, приведя их структуру и штатное расписание в соответствие с решаемыми задачами. Во исполнение решения Министра обороны Главнокомандующий ВМС приказал сформировать к 10 апреля 1954 г. Главное Управление судоремонтных заводов ВМС. Первым начальником Главного Управления судоремонтных заводов ВМС  был назначен инженер- контр-адмирал Караганов Леонид Иванович.
Непосредственно ГУСРЗ на момент создания подчинили все хозрасчетные судоремонтные предприятия ВМС: 22 завода и 2 мастерские, а также 2 верфи деревянного судостроения. При этом в «Положении о ГУСРЗ ВМС», утвержденном ГК ВМС адмиралом Н.Г. Кузнецовым были особо оговорены права командующих и начальников вооружения и судоремонта флотов (флотилий) в отношении СРЗ ВМС. Командование флота имело право вмешиваться в производственную деятельность заводов и распоряжаться для оперативных нужд флота 10 % утвержденного для завода плана ремонта кораблей флота. При этом, оно несло ответственность за стабильность годовых планов ремонта кораблей и обеспечение заводов материалами и имуществом, поставляемыми для них через соответствующие довольствующие органы флота. Изменение сроков ремонта и постановка аварийных кораблей разрешалась «в случаях крайней необходимости» с последующим докладом ГК ВМС.
Главное управление судоремонтных заводов ВМФ возглавляли вице-адмирал Караганов Л.И. (1954-1970), вице-адмирал Геворков А.М.(1970-1986), вице-адмирал Чуриков Ю.Д. (1986-1992).
Уже на начальном этапе создания ГУСРЗ ВМФ с правами промышленного Главка позволило создать восемь конструкторско-технологических организаций, центральную базу снабжения и без дополнительного финансирования и капитальных затрат использовать объединённую мощность заводов на наиболее критических направлениях судоремонта. В первую очередь, были сформированы планы межзаводской кооперации, по которому предприятия стали поставлять друг другу широкую номенклатуру изделий, значительно снизив напряжение в материально-техническом обеспечении судоремонта.
После решения первоочередных вопросов становления отрасли вице-адмиралом Карагановым были приняты меры по наращиванию производственных мощностей. В первую очередь, были решены вопросы строительства цехов и создания филиалов заводов в целях ремонта кораблей с новой энергетикой и вооружением. В этот период введены в строй цеха в Кронштадте, Севастополе, Мурманске, Росляково.
В связи с настоятельной потребностью в ремонте кораблей с атомными энергетическими установками бурное развитие получили 10, 35, 30, 49 заводы. Следует отметить, что заводы приняли в ремонт первые атомные подводные лодки ещё до окончательного перевооружения, широко используя межзаводскую кооперацию.
С начала 70-х годов, благодаря умелому сочетанию экономических методов управления и максимальному использованию собственных оборотных средств  предприятий, для дополнения титульных ассигнований ГУСРЗ, под руководством А.М. Геворкова получило мощное развитие. К середине 80-х годов была окончательно сформирована сильная промышленная отрасль, обеспечивающая деятельность ВМФ, вышедшего на просторы Мирового океана.
Во многом благодаря серьёзным усилиям вице-адмирала Чурикова Ю.Д. значительные трудности переходного периода не позволили отрасли отступить от достигнутого уровня. Структура ГУ СРЗ ВМФ без существенных изменений просуществовала до начала обвального сокращенияВМФ в 90-х годах и вполне подтвердила свою эффективность.
Директивой Главнокомандующего ВМФ в 1992 г. Главное управление судоремонтных заводов ВМФ реформировано в Управление судоремонтных заводов ВМФ (УСРЗ ВМФ). Начальником был назначен контр-адмирал Петров Ю.Е.
В истории развития Управления судоремонтных заводов ВМФ, последнее десятилетие было наиболее трудным, на плечи тех, кто в этот период продолжает успешно выполнять задачи по восстановлению технической готовности корабельного состава ВМФ, легла задача сохранить отрасль.
Сейчас все соединения флота используют производственные мощности предприятий УСРЗ, которые освоили ремонт самых новых проектов кораблей. «Пётр Великий», «Адмирал Кузнецов» и другие боевые корабли находятся практически на сервисном обслуживании предприятий УСРЗ. Решая вопросы дозагрузки производства, заводы овладели утилизацией кораблей и судов по заказам Минатома РФ.
Большинство предприятий имеют сертифицированные Морским Регистром производства, что даёт им возможность ремонтировать суда всех классов и назначений.
Предприятия отрасли в настоящее время обладают достаточным количеством высококвалифицированных кадров, только специалистов, имеющих ученые степени и звания, как в области технических, так и экономических наук около 30.
Сегодня можно с уверенностью сказать, что свой полувековой рубеж судоремонтная отрасль ВМФ прошла, сохранив значительный потенциал, необходимый для решения стоящих перед ней задач.