В 1991 году произошли серьезные изменения в содержании и организации воспитательной работы. Вместо упраздненных партийно-политических, а затем и военно-политических органов, были введены последовательно сначала органы по работе с личным составом, а затем – органы воспитательной работы. В училище в 1992 году было создано отделение по работе с личным составом, введены должности помощника начальника училища по работе с личным составом, затем заместителя начальника училища по работе с личным составом. На этих должностях плодотворно работал капитан 1 ранга А.И. Сыренков, прошедший большую школу флотской службы.
В 1995 году отделение по работе с личным составом было преобразовано в отделение воспитательной работы. Именно в этот период времени в училище создавалась и совершенствовалась система обновленной воспитательной работы со всеми категориями военнослужащих и гражданского персонала, членами их семей как важнейшего средства формирования здорового морального духа. Она строилась на основе идей российского государственного патриотизма, верности воинскому долгу, готовности защищать интересы России.

 

В 1997 году на должность заместителя начальника училища по воспитательной работе был назначен капитан 1 ранга В.К. Устинов, проходивший до этого службу на Камчатке в должности заместителя командира дивизии подводных лодок по воспитательной работе. После объединения училищ заместителем начальника института по воспитательной работе был назначен капитан 1 ранга Николай Александрович Рыжых. Руководить  воспитательной работой в бывшем училище подводного плавания был назначен исполнительный, инициативный и ответственный офицер – капитан 2 ранга Ильхом Казакджанович Исматуллаев, который до этого более 10 лет прослужил на архипелаге Новая земля.    
В этот период была поставлена задача сосредоточить основное внимание на возрождении духовности, формировании у офицеров, мичманов, курсантов сознания, морали и психологии защитника Отечества, воспитании соответствующих убеждений, норм, правил и принципов поведения и действий. Больше внимания стало уделяться анализу морально-психологической обстановки в училище, процессов, протекающих в курсантских подразделениях, психологической подготовке, военно-социальной работе, информированию, культурно-досуговой работе.
Несмотря на сложную социально-экономическую обстановку в стране, в Вооруженных Силах и на флоте, офицерский состав управления училища, факультетов и кафедр, отделов и служб воспринимает задачу воспитания подчиненных как одно из приоритетных направлений служебной деятельности. Для приобщения курсантов к истории флота, училища, воспитания их на традициях офицеров-подводников старших поколений были привлечены выпускники ВВМУПП – из числа руководящего и профессорско-преподавательского состава, гражданского персонала, прежде всего еще проходящих службу или работающих в стенах училища. Это контр-адмирал Б.М. Малярчук, капитаны 1 ранга К.С.Семенов, В.А. Петров, В.Е. Семилетов, О.В. Черняев, И.Н.Гунька,  С.В.Некрасов, преподаватели А.К. Шауб, Р.М. Уразов, Ф.Д.Стахно, Ю.В.Осипов, В.М. Булкин, служащие В.И.Глущенко, В.И.Суровегин и многие другие.
Большую помощь в воспитательной работе оказывает Президиум Объединенного Совета ветеранов-подводников под руководством контр-адмирала Л.Д. Чернавина, когда на организованных им встречах  адмиралы и офицеры – бывшие подводники рассказывают о своей службе и жизни, делятся опытом. С огромным интересом слушают их курсанты.
В училище стало хорошей традицией посвящение первокурсников в подводники офицерами запаса, служившими на подводных лодках, прошедшими большой жизненный путь и имеющими огромный опыт океанских походов. Это такие заслуженные подводники, как вице-адмирал Е.А.Томко, контр-адмирал Б.М.Малярчук, капитаны 1 ранга С.И.Бочкин, Г.И.Иванов, В.С.Близнюк, А.И.Соленков.
Учитывая, что церковь всегда вдохновляла воинов на ратные подвиги во имя защиты Отечества, командование училища стало привлекать к воспитательной работе в курсантских подразделениях священнослужителей. Частый гость в училище – настоятель Николо-Богоявленского морского собора протоиерей отец Богдан.

Активизирована военно-шефская работа курсантов в школах Санкт-Петербурга. Выступления курсантов в подшефных классах, проведение совместных мероприятий со школами, лицеями оказывает благотворное обоюдное влияние на формирование гармонично  развитой личности.
Не ослабевает связь командования училища с администрацией города и районов, а также промышленными предприятиями Адмиралтейского района: Кировским заводом и Адмиралтейскими верфями.
Учитывая огромные воспитательные возможности, которые имеются в Санкт-Петербурге, отделение воспитательной работы считает своей задачей приобщить курсантов к истории, традициям и культурному наследию города. Еженедельно для них организуются экскурсии в музеи, культпоходы в театры, на выставки, посещения исторических памятных мест.
Курсанты, офицеры развивают свои артистические способности на клубной сцене. Большую помощь в этом им оказывали работники клуба Н.Ю.Тесленко и О.Р. Лукина. В настоящее время клубом училища подводного плавания руководит «Заслуженный деятель культуры» Галина Федоровна Кудрина.  Благодаря их заботам работают постоянно действующие кружки художественной самодеятельности: эстрадный, хоровой, драматический, художественного слова, изобразительного искусства, бальных танцев. Интересны в своем поиске курсантский театр эстрадных миниатюр (КТЭМ) и клуб веселых и находчивых, рассказывающие о жизни в училище и о существующих проблемах. Частые гости у моряков-подводников – известные артисты и исполнители Александр Розенбаум, Семен Альтов, Марина Капуро, выпускник училища народный артист России Иван Краско.

 

Центром воспитательной работы с будущими подводниками в училище является Музей училища, открытый 9 сентября 1956 года, который более чем за полувековую историю вырос качественно и количественно. Вначале экспозиция музея размещалась в двух залах. Сегодня в стенах музея на площади в 500 квадратных метров системно в пяти залах действительно представлена история подводного флота от «потаенного судна» Ефима Никонова до современных атомных субмарин. Экспозиция первого зала рассказывает о зарождении отечественного подводного кораблестроения, широко представлены макеты первых подводных лодок. Охватывает исторический период с 1720 по 1917 год. Второй зал посвящен развитию подводного флота в годы социалистического строительства и охватывает период с 1917 по 1941 год. Третий зал посвящен подводному флоту в годы Великой Отечественной войны с 1941 по 1945 год. Четвертый зал рассказывает о развитии подводного флота в послевоенный период и выходе атомного флота в мировой океан, охватывая период с 1945 по 1998 год. На видном месте в этом зале помещены портреты тринадцати Героев Советского Союза и пятерых Героев Российской Федерации, удостоенных этого высокого звания за освоение новых кораблей и оружия, плавание на атомных подводных лодках в арктических широтах. В их числе старший лейтенант В.В.Матвиенко, награжденный посмертно в 1999 году за наведение конституционного порядка в Чеченской республике.  Экспозиция пятого зала, самого большого, рассказывает о современном этапе жизни уже Морского корпуса Петра Великого – Санкт-Петербургском ВМИ, службе выпускников на флотах в настоящее время. По сей день в музее продолжается работа по совершенствованию экспозиций и накоплению исторических материалов. Особый интерес у студентов и школьников вызывают прекрасно исполненные макеты современных моделей подводных лодок и настоящий перископ с дизельной подводной лодки. Музей был местом встречи с героями подводниками такими, как  А.И.Маринеско, Г.И.Щедриным, М.С.Колышкиным, где они встречались с офицерами, курсантами, делились боевым опытом.

 

По многочисленным отзывам в книге почетных посетителей и фотоэкспозициям можно проследить, сколько видных государственных, политических деятелей, военачальников, известных конструкторов и представителей культуры и искусства посетили музей и оставили самые добрые и теплые отзывы о его деятельности. Музей стал местом традиционных встреч выпускников разных лет. Вот одна из записей из Книги почетных посетителей: «Выпускники 1972 года полностью поддерживают свое родное училище подводного плавания им. Ленинского комсомола и выражают негодование по поводу его ликвидации и недоверие правительству, принявшему антифлотское решение».
Более 20 лет руководил музеем училища капитан 1 ранга в отставке Михаил Александрович Фатеев. Он участник Великой Отечественной войны, орденоносец, проходил службу на Черноморском и Тихоокеанском флотах, более 10 лет возглавлял Центральный военно-морской музей. Он много сделал для сохранения и развития музея. В 2006 году музей возглавил капитан 1 ранга в отставке Владимир Дмитриевич Агеенко, который отдал флоту более 40 лет, пройдя путь от матроса дизельной подводной лодки до капитана 1 ранга с «Акулы», самой большой атомной подводной лодки в мире. Последние 15 лет службы  он был заместителем начальника факультета минно-трального и противолодочного вооружения надводных кораблей. Он доброжелательно и достойно выполняет свою работу.
В решении задач воспитания важную роль играют и библиотека училища. Библиотека училища представляет собой научно-информационный и культурно-просветительский центр в училище с уникальным по содержанию и тематике книжным фондом, который насчитывает более 250 тысяч единиц хранения. В библиотеке большой фонд редких книг, таких как полный комплект журнала «Морской сборник» с №1, «Энциклопедический словарь» Брокгауза и Эфрона 1903 года издания и уникальные книги по истории подводного флота, книги русских и зарубежных классиков и интересный фонд современной литературы. В читальном зале большой выбор справочных изданий и периодической печати, в том числе по всем специальностям института. Обширный справочно-библиографический аппарат.
Значительное место в деятельности библиотеки занимает пропаганда лучших российских военно-морских традиций, которая проводится всеми формами и методами библиотечно-библиографической работы. Особое место в ней занимает индивидуальная работа с читателями. С помощью постоянно меняющихся книжных выставок библиотека знакомит читателей с книгами прошлых лет издания «Из фондов библиотеки» на различные темы и с новинками. В целом фонды библиотеки позволяют каждому читателю найти не только необходимую учебную литературу, но и книгу по душе. Особая роль отводится пропаганде военных мемуаров подводников. Написанные людьми, прошедшими испытание войной, книги эти не только содержат ценнейшие сведения, но и несут в себе большой идейный и нравственный заряд.
Училищная библиотека – это место духовного воспитания читателей, где курсанты могут отдохнуть интеллектуально, поговорить о книгах, о культурной жизни города, а часто даже о каких-то своих личных проблемах, получить грамотный доверительный совет. Люди, работавшие и работающие в библиотеке в этот период, не только высококвалифицированные профессионалы, а главное, энтузиасты, любящие свое дело и читателей, глубоко преданные Военно-морскому флоту. Это работники отдела комплектования Л.В.Жданова, Е.Н. Шилкина, (О.А. Олейникова в н.в. не работает); учебного фонда –  Л.А. Михеева, Е.Н.Воронович. О.Н.Чеснова, (Л.И.Быстряко-ва в н.в. не работает);  читального зала – И.В.Праводелова (О.В.Евсичева и Е.А.Соленкова работали раньше); абонемента художественной литературы –   Л.П.Старотитрова, В.С. Разгонова, Е.Ю. Дашкевич (И.В.Колесникова и Е.И.Ищенко в н.в. не работают); библиограф С.М. Круглова. Возглавляет библиотеку заведующая библиотекой Заслуженный работник культуры РФ Татьяна Евгеньевна Беликова, работающая в институте более 30 лет.