Во второй половине 80-х годов в училище началась переработка учебных планов. С 1 января 1985 года в училище была сформирована и начала действовать нештатная психолого-педагогическая служба (ППСл). Непосредственное руководство ППСл осуществлял заместитель начальника училища по учебной и научной работе капитан 1 ранга Б.П. Жевлаков. Но уже в январе 1986 года был назначен штатный начальник ППСл училища капитан 2 ранга Е.С.Филиппов, который подчинялся непосредственно начальнику училища.
В 1985 году, после очередного выпуска курсантов, был уволен в запас начальник учебного отдела полковник В.А. Цыглин и вместо него приступил к работе новый начальник учебного отдела капитан 1 ранга А.Г.Кузнецов, под руководством которого началась разработка нового поколения учебных планов. В это же время под руководством начальника училища контр-адмирала Е.А.Томко для улучшения тактической подготовки стали планироваться и практиковаться комплексные двусторонние учения курсантов 5-го курса специальностей ПЛРТВ ПЛ ВВМУПП и МТВ ВВМУ им. М.В. Фрунзе, а также совместные тренировки по выходу в торпедную атаку курсантов 4-го курса специальности ПЛРТВ ПЛ со слушателями командного факультета 6-х ВСОК ВМФ. С 1987 года в учебные планы введены два комплексных курса – руководство  корабельным подразделением и подготовка вахтенного офицера.
В начале 1988 года курсанты всех специальностей были объединены в группы мотивированного обучения, которые формировались по принципу желания курсантов служить на подводных лодках тех или иных проектов. Это позволило при общем теоретическом курсе отрабатывать практические навыки на материальной части, характерной для выбранного проекта ПЛ, и тем самым усилить практическую подготовку курсантов. Для специальности БРПЛ был разработан отдельный учебный план подготовки специалистов для баз оружия и полигонов. Это было вызвано тем, что значительная часть выпускников этой специальности назначалась на береговые должности. Последующие отзывы о результатах службы выпускников свидетельствовали о правильности выбора такого способа подготовки.
В 1989/90 учебном году впервые проведена корабельная практика курсантов 4-го курса 1-го и 2-го факультетов по системе стажировки. Курсанты были направлены на все флоты, на предполагаемые места службы. Это повысило заинтересованность курсантов в освоении корабля и материальной части. На 5-м курсе курсанты ехали на стажировку на уже знакомые места. С ухудшением экономической ситуации в стране с 1991/92 учебного года от такой практики пришлось отказаться.
В 1992 году из расформированного Каспийского ВВМУ им. С.М. Кирова в училище было переведено 135 курсантов, а в 1993 году 91 курсант из расформированного Черноморского ВВМУ им. П.С.Нахимова для доучивания на 2–5-м курсах по новым специальностям: «Крылатые ракеты подводных лодок» и «Корабельные спецбоеприпасы». Учебный отдел в это время работал в напряженном режиме, так как предстояло заново разрабатывать и согласовывать учебные планы и программы по этим специальностям.
В этом же году приказом Министра обороны были отменены государственные экзамены и впервые за много лет государственная аттестация курсантов заключалась только в защите дипломных работ и проектов.
В 1993 учебном году впервые были набраны на 1-й курс курсанты специальностей КРПЛ и КЯБП. Из-за неподготовленности материальной части в училище обучение курсантов старших курсов проводилось в ВМА им. Н.Г. Кузнецова, на ВСОК ВМФ, в учебных центрах ВМФ.
В марте 1994 года начальником учебного отдела был назначен капитан 1 ранга Б.Ф. Чернавин, который занимался организацией первого выпуска офицеров по специальностям, переведенным из ЧВВМУ им.П.С. Нахимова.
В 1995-1996 годах в училище начинают разрабатываться новые квалификационные требования к выпускникам училища и учебные планы нового поколения, коренным образом отличающиеся от ранее существовавших планов. В основу планов легли государственные образовательные стандарты, разработанные в Санкт-Петербургском государственном морском техническом университете по специальности 140900 «Автоматические системы управления морской техникой», в Государственной морской академии им. адмирала С.О. Макарова по специальности 240200 «Судовождение», в Московском государственном инженерно-физическом институте (техническом университете) по специальности 200600 «Электроника и автоматика физических установок».
Возглавил работу по согласованию учебных планов училища с учебно-методическими объединениями этих ВУЗов заместитель начальника училища по учебной и научной работе капитан 1 ранга Е.И. Истомин. А непосредственными исполнителями по своим специальностям были: старший преподаватель-методист капитан 1 ранга Н.И. Будкин и три начальника кафедр – капитаны 1 ранга А.В. Васильев, А.А. Михайлов и Р.М. Уразов. Активно участвовали в подготовке учебно-методической документации кафедр и офицеры учебного отдела, в первую очередь наиболее опытный из них – заместитель начальника учебного отдела капитан 1 ранга В.И. Суровегин. Обучение по новым учебным планам началось в 1997 году.
С образованием в ноябре 1998 г. Санкт-Петербургского военно-морского института  учебный отдел института претерпел штатные изменения. В учебном отделе были образованы два учебных отделения, начальники которых являются заместителями начальника учебного отдела по городкам. Были введены штатные должности методистов, в ВГ-64 им  стал В.И. Суровегин. Начальником отдела стал капитан 1 ранга Казаков В.Ф., бывший до этого начальником учебного отдела ВВМУ им. Фрунзе, его заместителем по военному городку №64 (ВГ-64) стал бывший начальник отдела ВВМУПП им. Ленинского комсомола капитан 1 ранга Б.Ф.Чернавин. После него с сентября  2004 г. по октябрь 2005 г. эту должность занимал бывший начальник кафедры Электротехники и электрооборудования корабля капитан 1 ранга С.Н. Воробей, который после был назначен начальником учебного отдела военно-морского инженерного института. Три года должность заместителя начальника отдела временно исполнял старший помощник отдела капитан 2 ранга П.А. Кузнецов.  В июле 2007 г. на эту должность был назначен капитан 2 ранга Крайнов В.В. До этого он был тоже старшим помощником  начальника учебного отдела, куда был распределен после окончания ВМА им. Н.Г.Кузнецова.
Должности старших помощников начальника учебного отдела в ВГ-64 в разное время в этот период занимали – капитан 2 ранга А.М.Поляков, капитан 3 ранга А.А.Герасимов, капитан 2 ранга А.В.Забелин, капитан 2 ранга В.В.Журбин и капитан 2 ранга В.О.Семёнов. Группу профессионально-психологического отбора с апреля 1996 г. возглавлял капитан 2 ранга С.Л.Бухалов. В июне 2006 г. его сменил подполковник В.В.Слободянюк. Должность врача-психолога в 2005 г. занимает капитан медицинской службы В.В.Федоренко. Должность референта-психолога занимали Монахова О.В., Эстрина Р.Б., в настоящее время – Воложинская О.А.
Делопроизводством в учебном отделе с марта 1991 г. занимается Н.И.Бакальчук. Она ведёт учёт и исполнение текущих документов, оформление и выдачу академических справок, учёт и хранение архивных дел учебного отдела. Хорошее знание распределения учебных дисциплин по кафедрам позволяет ей быстро и точно составлять ведомости итоговых оценок выпускников. Должность инженера с марта 1992 г. по февраль 2004 г. занимала И.А.Кокарева, а с февраля 2004 г. занимает В.Н.Шевелёва. Инженер обрабатывает информацию по текущей успеваемости курсантов и отвечает за правильное заполнение зачётных и экзаменационных ведомостей. Работу Н.И.Бакальчук и В.Н.Шевелёвой отличает доброжелательное отношение к любому посетителю, будь то преподаватель или курсант, он всегда получит быстрый и правильный ответ или документ на свою просьбу.
С образованием института перед учебным отделом командованием была поставлена задача унификации документации, учебных планов, программ, системы учёта успеваемости курсантов и пр. Практическое решение этих вопросов начало претворяться в жизнь с выбора Государственных образовательных стандартов высшего профессионального образования (ГОС ВПО) второго поколения (2000 г.) и разработки квалификационных требований к военно-профессиональной подготовке выпускников по специальностям и специализациям института и далее – учебных планов и программ. В основу разработки новой учебно-плановой документации были положены, как и в 1996 году ГОС ВПО, разработанные учебно-методическими объединениями гражданских ВУЗ.  В области кораблестроения и океанотехники –  это стандарты 180303 «Автоматические системы управления морской техникой» и 180305 «Корабельные автоматизированные комплексы и информационно-управляющие системы». В области эксплуатации водного транспорта – это стандарты 180401 «Гидрография и навигационное обеспечение судоходства» и 180402 «Судовождение» и в области ядерной техники и технологии – это стандарт 140306 «Электроника и автоматика физических установок». В январе 2001 года квалификационные требования и  новые учебные планы и программы института по 9 специальностям подготовки офицеров были утверждены Главнокомандующим ВМФ. Занятия по этим планам и программам для курсантов 1 курса начались  с августа 2001 года.  Для курсантов 2, 3 и 4 курсов были разработаны переходные учебные планы, позволившие им за 1 год плавно перейти от старых учебных планов к новым. 5 курс продолжал доучиваться по старым учебным планам, по которым начинал обучение на 1 курсе.
Общее руководство разработкой новой документации осуществляли начальник учебного отдела капитан 1 ранга В.Ф.Казаков и его заместитель капитан 1 ранга Б.Ф.Чернавин. Методист Суровегин В. И. разработал типовые учебные планы, которые использовались начальниками кафедр для разработки своих планов.
В соответствии с распоряжением Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки РФ от 16 июня 2005 г. № 962-05 в период с 20 по 24 июня 2005 года институт успешно прошёл аттестационную экспертизу. С приходом в сентябре 2004 г. на должность заместителя начальника учебного отдела капитана 1 ранга С.Н.Воробья на него была возложена организация подготовки к экспертизе. В этом качестве он показал себя хорошим организатором, ответственным офицером. Немалая заслуга в успешном прохождении аттестационной экспертизы принадлежит его главному помощнику по сбору информации за институт и заполнения модуля  данных методисту В.Н.Суровегину.