Кафедрой физической подготовки и спорта, имеющей высококвалифицированный преподавательский и тренерский состав, много лет руководил заслуженный мастер спорта СССР подполковник И.Г. Лужковский, а после него эту должность занял кандидат педагогических наук профессор полковник А.И. Павлий, впоследствии «Заслуженный работник высшей школы». Под его руководством кафедра проделала большую работу по совершенствованию учебно-лабораторной базы и оснащению спортивных залов современными тренажерами и оборудованием.
Продолжающаяся эпоха реформы военного образования не обошла стороной и кафедру физической подготовки. С 1999 года кафедра была объединена с кафедрой общевоинских уставов и стала кафедрой тактики береговых войск и общевойсковой подготовки, которую возглавлял до 2002 года доцент полковник К.К.Михолап. Этот относительно неблагоприятный период (затянувшийся ремонт плавательного бассейна, перебои с финансированием, оргштатные изменения) не оказал отрицательного влияния на качество учебных занятий и спортивной работы, а также на качество выступления, как сборных команд на чемпионатах ЛенВМБ, ВВМУЗ, так и отдельных спортсменов на чемпионатах Санкт-Петербурга и России. Прошедшие проверки физической подготовленности курсантов Главным штабом ВМФ имели положительную оценку, а сборные команды по плаванию, гиревому спорту, рукопашному бою стали призерами ВВМУЗ.
В 2002 году кафедра физической подготовки и спорта вновь становится самостоятельной, которую возглавляет опытный управленец, мастер спорта СССР полковник С.А.Дементьев, а заместителем начальника кафедры, в училище подводного плавания, становится мастер спорта СССР полковник А.А.Марьин.  В кратчайший период им удается решить две задачи: сохранить имеемый профессорско-преподавательский состав и ввести в строй зимний плавательный бассейн. В настоящее время кафедра физической подготовки и спорта военного городка № 64 является центром организаторской и методической работы ВВМУЗ ВМФ. За последние четыре года на базе кафедры при активном участии преподавательского  состава неоднократно проводились учебно-методические сборы специалистов физической подготовки ВМФ, где опытные педагоги проводили показные занятия по различным разделам физической подготовки.

 

В настоящее время на кафедре организована работа в восьми спортивных секциях, таких как гиревой спорт, рукопашный бой, офицерское многоборье, плавание, гребля на ялах, мини-футбол и баскетбол для подготовки сборных команд училища для участия в чемпионатах ВМФ, спартакиадах ВМУЗ и первенствах Санкт-Петербурга и ЛенВМБ.  Раньше таких команд было 12. Снижение количества сборных обусловлено тем, что в организационных приказах ВМФ по физической подготовке предусматривается проведение только 8 спартакиад: так, например, был исключен бокс, вместо него теперь – рукопашный бой.  Гордостью кафедры и института является сборная команда по гиревому спорту, руководимая опытным педагогом, энтузиастом физической культуры, мастером спорта СССР по гиревому спорту, пятикратным чемпионом России и двукратным чемпионом мира среди ветеранов и  О.А.Пронниковым. В течение более 10 лет она является чемпионом ВВМУЗ ВМФ. Среди воспитанников О.А.Проникова курсант Н.Дулов, который стал мастером спорта международного класса, а курсанты А.Чабан, А.Зайцев  стали мастерами спорта.
Команда по рукопашному бою, несмотря на то, что претерпела смену тренерского состава (до 2004 года ее возглавлял кандидат педагогических наук, доцент подполковник Б.М.Шаваринский, с 2004 года до настоящего времени подполковник В.В.Чернов), сумела удержаться в тройке сильнейших команд ВВМУЗ ВМФ. Чемпионами ВВМЦЗ в различных весовых категориях стали: Ю.Салтыков, А.Суржиков-2005 г., А.Друбецкой- 2006 г.
Большое внимание в военном городке № 64 уделяется развитию спортивно-технических и водных видов спорта. Наиболее успешными для этих видов спорта были с 2004 по 2007 годы. Так сборная команда по гребле на ялах в 2004 году стала чемпионом ВМФ, заняла 1-е место в чемпионате России и стала обладателем Кубка Республики Беларусь. Чемпионами стали: курсанты А.Первов, М.Первов, М.Секачев, Д.Дрожжов, Т.Реутов, И.Журавлев. Сборная команда по офицерскому многоборью, руководимая опытным преподавателем и умелым организатором подполковником И.А.Каратаевым, за короткий период в 2007 году заняла 3 место в спартакиаде ВВМУЗ ВМФ. Курсант А.Чураков на открытом Кубке г. Санкт- Петербург по полиатлону занял 5 место. В течение последних 8 лет сильную команду по плаванию создал чемпион СКДА неоднократный чемпион ВС СССР, мастер спорта СССР по плаванию подполковник Д.А.Ананьев, которая становилась чемпионом и призером спартакиад ВВМУЗ ВМФ и ЛенВМБ.
Большое внимание на кафедре уделялось подготовке научно-педагогических кадров. В этом направлении кафедра занимает одно из ведущих мест не только в Военно-Морском Флоте, но и среди кафедр физической подготовки и спорта вузов ВС РФ. В составе кафедры были кандидаты педагогических наук доценты полковник В.В. Тарасов, подполковник Б.М.Шаваринский, преподаватели В.И. Ковтун, А.А. Поляков, доценты подполковники С.Н. Сергеев и Н.Н. Мызников.
Среди тех, кто служил в этот период, обучал и воспитывал курсантов, были неоднократный чемпион и рекордсмен СССР, победитель Кубка Европы, мастер спорта международного класса, кандидат педагогических наук, доцент, полковник В.В.Тарасов, чемпион СКДА подполковник Д.А.Ананьев, кандидат педагогических наук, доцент подполковник Б.М.Шаваринский, кандидат педагогических наук, доцент, мастер спорта СССР полковник Марьин А.А., призер чемпионатов СССР, мастер спорта СССР, доцент полковник Н.Н.Мызников, подполковники И.А.Каратаев, В.В.Чернов, старший лейтенант В.В.Тихонов и служащие: чемпион ВС СССР по легкой атлетике, главный судья по прыжкам на летних Олимпийских Играх 1980 лет сильную команду по плаванию создал чемпион СКДА неоднократный чемпион ВС СССР, мастер спорта СССР по плаванию подполковник Д.А.Ананьев, которая становилась чемпионом и призером спартакиад ВВМУЗ ВМФ и ЛенВМБ.
Большое внимание на кафедре уделялось подготовке научно-педагогических кадров. В этом направлении кафедра занимает одно из ведущих мест не только в Военно-Морском Флоте, но и среди кафедр физической подготовки и спорта вузов ВС РФ. В составе кафедры были кандидаты педагогических наук доценты полковник В.В. Тарасов, подполковник Б.М.Шаваринский, преподаватели В.И. Ковтун, А.А. Поляков, доценты подполковники С.Н. Сергеев и Н.Н. Мызников.
Среди тех, кто служил в этот период, обучал и воспитывал курсантов, были неоднократный чемпион и рекордсмен СССР, победитель Кубка Европы, мастер спорта международного класса, кандидат педагогических наук, доцент, полковник В.В.Тарасов, чемпион СКДА подполковник Д.А.Ананьев, кандидат педагогических наук, доцент подполковник Б.М.Шаваринский, кандидат педагогических наук, доцент, мастер спорта СССР полковник Марьин А.А., призер чемпионатов СССР, мастер спорта СССР, доцент полковник Н.Н.Мызников, подполковники И.А.Каратаев, В.В.Чернов, старший лейтенант В.В.Тихонов и служащие: чемпион ВС СССР по легкой атлетике, главный судья по прыжкам на летних Олимпийских Играх 1980