Два последних десятилетия, перед празднованием своего 60-летнего юбилея, оказались наиболее трудными и напряжёнными в жизни и деятельности коллектива училища. Свой 50-летний юбилей в апреле 1998 года училище подводного плавания отпраздновало, будучи еще самостоятельным военным учебным заведением. В этом же году в соответствии с Постановлением Правительства Российской Федерации  №1009 от 29 августа училище подводного плавания им. Ленинского комсомола и Высшее военно-морское училище им. Фрунзе были объединены в одно высшее военное учебное заведение и был создан Санкт-Петербургский военно-морской институт, которому в 2001 году, в связи с 300-летним юбилеем военно-морского образования в России, было присвоено почетное звание «Морской корпус Петра Великого».  
В 90-е и последующие годы происходило принципиальное изменение направленности и содержания военно-морского образования офицеров ВМФ по сравнению с предшествующими годами. Изменение целевой установки училища на высшее военно-морское учебное заведение потребовало изменения всего учебного процесса. Это, в свою очередь, повлекло за собой существенную переработку учебных планов и программ, написание новых учебников и учебных пособий. В этот период происходило переосмысление всей деятельности профессорско-преподавательского состава не только в области учебного процесса, но и направленности содержания научно-исследовательской работы.
Одновременно происходила смена командования училища, начальников отделов и служб, руководителей факультетов и кафедр. Существенно менялся коллектив училища в целом. Многие офицеры, отслужившие положенный срок, увольнялись в запас, а им на смену приходили специалисты с флота. В их числе было немало опытных командиров атомных подводных лодок и флагманских специалистов. Все они имели опыт службы на современных подводных лодках, но не имели педагогического опыта, который приходит лишь с годами. Богатый опыт службы вновь прибывших офицеров в сочетании с педагогическими традициями, имевшимися на каждой кафедре, позволили в сравнительно короткий срок подготовить молодых преподавателей к решению новых для них задач.
В данной главе исторического очерка дается подробное описание той многогранной и напряженной работы, которая проводилась в этот период всем коллективом училища до  и после объединения (в 1998 году) с Высшим военно-морским училищем им. М.В.Фрунзе, начиная от командования и рабочими и служащими.

 

 

В конце 1984 года в командованием училищем вступил известный подводник Герой Советского Союза контр-адмирал (впоследствии – вице-адмирал) Егор Андреевич Томко, командовавший на Севере, до прибытия в училище, дивизией многоцелевых подводных лодок. Звания Героя Советского Союза он был удостоен за освоение новой техники и переход подо льдами Арктики с Северного на Тихоокеанский флот.
Период командования училищем вице-адмирала Е.А. Томко совпал с периодом демократических преобразований в стране. Некоторые из них опытный подводник воспринимал неоднозначно, считая разрушительными для флота и вредными для страны. Будучи требовательным и даже жестким человеком, он последовательно стремился сохранить воинский порядок и дисциплину в училище, активно воспитывал у курсантов чувство государственности, патриотизма и любви к флоту.
Двумя годами ранее, в 1982 году, произошла смена заместителей начальника училища. Вместо ушедшего на должность начальника Тихоокеанского высшего военно-морского училища имени С.О. Макарова контр-адмирала Игоря Васильевича Кармадонова прибыл с Северного флота контр-адмирал Владлен Васильевич Наумов – командир ракетного подводного крейсера стратегического назначения. Ему на смену в 1986 году на должность заместителя начальника училища был назначен опытный подводник начальник штаба дивизии подводных лодок Северного флота капитан 1 ранга Владимир Федорович Бурлев.
Заместителем начальника училища по учебной и научной работе стал бывший начальник кафедры радиотехнических систем, кандидат технических наук доцент, а впоследствии профессор, капитан 1 ранга Борис Павлович Жевлаков, который и после ухода в запас продолжает преподавательскую деятельность в училище и ведет активную работу в области развития высшего образования, являясь членом-корреспондентом Международной академии наук высшей школы. В настоящее время Б.П. Жевлаков успешно защитил докторскую диссертацию по педагогической тематике и продолжает трудиться на кафедре радиотехнических систем в должности профессора.
Начальником политического отдела в 1981 году назначили капитана 1 ранга Леонида Артемовича Логвиненко, который в 1988 году был избран народным депутатом и председателем депутатской группы при районном исполнительном комитете Ленинского района Ленинграда, на территории которого размещалось училище. В 1989 году его сменил капитан 1 ранга Николай Матвеевич Полюбин, пришедший с Севера и прослуживший в этой должности вплоть до расформирования партийно-политических органов Вооруженных Сил в 1991 году. После объединения училищ и по настоящее время обязанности заместителя начальника института по воспитательной работе (так стала называться должность начальника политотдела) был назначен исполнять капитан 1 ранга Рыжых Николай Александрович.

 

Эпоха смены общественно-экономической формации и распада Советского Союза вызвала очередные изменения в командном составе училища. После ухода в запас вице-адмирала Е.А. Томко ему на смену в феврале 1992 года прибыл контр-адмирал Богдан Михайлович Малярчук – первый начальник-выпускник училища 1968 года, занимавший до этого должность командира эскадры подводных лодок Северного флота. Вскоре произошла и новая смена заместителей начальника училища: в начале 1993 года уволился в запас капитан 1 ранга В.Ф. Бурлев, а на его место был назначен с должности заместителя начальника училища по вооружению капитан 1 ранга Юрий Николаевич Коновалов. Вместо ушедшего в запас капитана 1 ранга Б.П. Жевлакова на должность заместителя начальника училища по учебной и научной работе был назначен капитан 1 ранга Евгений Иванович Истомин, до этого служивший заместителем начальника кафедры кораблевождения.

 

После объединения училищ, в 1998 году, начальником института был назначен выпускник училища М.В.Фрунзе контр-адмирал Николай Алексеевич Скок, прибывший в институт в 1999 году с Северного флота, где командовал дивизией надводных кораблей. Обязанности заместителя начальника института в бывшем уже училище подводного плавания назначен исполнять контр-адмирал Б.М. Малярчук, к тому времени  защитивший кандидатскую диссертацию и ставший профессором.  После Б.М. Малярчука заместителем начальника института был назначен выпускник училища М.В.Фрунзе капитан 1 ранга Лев Львович Смирнов. Он прибыл в институт с Северного флота с должности заместителя командира дивизии ракетных подводных лодок стратегического назначения (РПК СН).   Затем заместителем начальника института становились только выпускники ВВМУППа – это капитан 1 ранга Сергей Николаевич Ищейкин, занимавший на Тихоокеанском флоте должность заместителя командира дивизии РПК СН, после него – капитан 1 ранга Иван Николаевич Шматко – командир атомной подводной лодки с крылатыми ракетами Тихоокеанского флота.

 

До назначения они оба были начальниками ракетного факультета института. В настоящее время заместителем начальника института является капитан 1 ранга Тагир Нажмутдинович Каяев. Он прибыл в училище с Северного флота с должности командира РПК СН. Всех этих офицеров объединяет  большой опыт службы на подводных лодках, высокое чувство ответственности за порученное дело, требовательность к подчиненным, справедливость, большая работоспособность и стремление, чтобы в училище стало лучше. Заместителем начальника института по учебной и научной работе после объединения стал капитан 1 ранга Валерий Викторович Ананьев, до этого занимавший аналогичную должность в училище имени М.В.Фрунзе. Он исполнял обязанности ЗНУРа вплоть до увольнения на пенсию. Он был уволен в декабре 2007 года, почти перед самый юбилеем. ЗНУРом после него был назначен начальник кафедры боевой подготовки военно-морского инженерного института (бывшая Дзержинка) капитан 1 ранга Иван Иванович Малышев.

 

После ухода на пенсию в 2002 году контр-адмирала Н.А.Скока в командование институтом вступил выпускник Черноморского военно-морского училища им. П.С.Нахимова контр-адмирал Олег Дмитриевич Демьянченко. В институт он прибыл с должности командира дивизии надводных кораблей Балтийского флота. Это был требовательный и жесткий человек, он стремился сохранить воинский порядок и дисциплину в институте. В качестве положительного момента в жизни института и его личной заслуги при этом можно отнести процедуру получения лицензии на право ведения образовательной деятельности и аккредитации института, как высшего учебного образовательного учреждения.
В мае 2006 года командовать институтом прибыл с Тихоокеанского флота выпускник штурманского факультета училища имени М.В.Фрунзе контр-адмирал Юрий Прокопьевич Ерёмин. Вся его служба после училища на флоте прошла на атомных многоцелевых подводных лодках, где он стал командиром подводной лодки. В институт он прибыл с должности начальника тыла – заместителя командующего войсками и силами на Северо-Востоке по тылу. Наряду с такими качествами, как требовательность к подчиненным, организованность и большая трудоспособность ему присущи еще и такие, как тактичность и доступность, справедливость и порядочность.  В период его командования институтом кардинально изменилось отношение к училищу подводного плавания и к работающим в нем людям. В училище начали что-то делать для улучшения быта и условий учебы и труда курсантов, профессорско-преподавательского состава, рабочих и служащих. В этом очевидная заслуга контр-адмирала Ю.П. Еремина.

 

Период смены командования училища совпал с началом реформы не только в области образования, но и военной реформы. Перед военным образованием возникло много трудностей, связанных с потерей четырех училищ, оставшихся после распада Советского Союза за пределами России. В связи с этим возникла необходимость перевода обучения по специальностям этих училищ в другие военно-морские училища, в том числе и в училище подводного плавания. В 1992/93 учебном году здесь продолжили обучение курсанты, переведенные из Баку, а в 1993 году – из Севастополя. Количество специальностей дополнилось. И общее число специальностей возросло до пяти, наряду со штурманской, баллистическими ракетами и минно-торпедной.
В этот период происходило введение в систему военного образования государственных образовательных стандартов, что вызвало необходимость, в соответствии с Законом Российской Федерации «О воинской обязанности и военной службе», обучения курсантов гражданским специальностям. Это повлекло за собой потребность пересмотра организации учебно-воспитательного процесса, и как следствие, необходимость учебно-методического сотрудничества с рядом гражданских вузов, входящих в состав учебно-методических объединений высших учебных заведений.
Изменение законодательной базы и введение контрактной службы в Вооруженных Силах повлияло на уклад жизни и деятельности военно-морских учебных заведений. Время пребывания курсантов в училище сократилось и стало походить на жизнь слушателей-офицеров, что не способствовало созданию атмосферы настоящей военной службы, в которой мог бы сформироваться выпускник, готовый преодолевать трудности первичной офицерской должности. Не способствовало улучшению качества образовательного процесса и труднообъяснимое в условиях экономического спада повышение окладов денежного содержания курсантов, соизмеримого с оплатой труда обучающих их преподавателей. Решение этих вопросов легло на плечи коллектива училища и, в первую очередь, его командования, которое к этому времени существенно обновилось.
Трудности в руководстве училищем в начале 90-х годов, да и в настоящее время, были связаны и со снижением конкурса при поступлении в училище.  Это было вызвано происходящими в стране демократическими реформами, и в результате – падение  престижа военной службы и ориентация молодежи на новые потребительские ценности жизни. Снижение набора курсантов на первый курс достигло своего максимума в 1993 году, когда выполнение плана набора фактически было сорвано. Несмотря на практически полное отсутствие средств для ведения необходимой агитационной работы по вовлечению молодежи, в училище были приняты меры, направленные на исправление критической ситуации с набором на первый курс. Начиная с 1994 года, были организованы подготовительные курсы для абитуриентов, численность учащихся на которых неуклонно возрастает из года в год. Подготовительные курсы продолжают успешно функционировать по настоящее время. Были заключены договоры со школами в Санкт-Петербурге и в Северо-Западном регионе России, а также с военно-морским лицеем в Севастополе. Благодаря собственным усилиям активизировалась агитационная работа в средних общеобразовательных учебных заведениях. Так, например, ежегодно курсанты училища-института посещают свыше ста школ города и области, а также по месту их жительства в период каникулярных отпусков. Были изданы новые информационные материалы об училище-институте, которые во время встреч распространялись среди учащейся молодежи.