31 марта 1944 года  Советское правительство приняло Постановление об организации военно-морских подготовительных училищ с подчинением их Народному Комиссариату ВМФ. В городе морской славы, Ленинграде, было создано новое военно-морское учебное заведение, получившее наименование Ленинградское военно-морское подготовительное училище.

 30 апреля 1944 года согласно приказу народного комиссара ВМФ Ленинградское военно-морское подготовительное училище с трехлетним сроком обучения было сформировано на базе двух специальных военно-морских школ, подлежащих расформированию: 2-й Ленинградской, эвакуированной с началом войны в далекий сибирский городок Тару, и 1-й Московской.

8 апреля 1948 года приказом Министра Вооруженных Сил СССР на базе Ленинградского военно-морского подготовительного училища было образовано 1-е Балтийское высшее военно-морское училище с четырехгодичным сроком обучения. Оно должно было готовить вахтенных офицеров. Утром 1 октября 1948 года, ровно в семь часов, в училище был проведен военный парад по случаю начала занятий на первом курсе.

18 апреля 1949 года начальник военно-морских учебных заведений вице-адмирал В.Л. Богденко по поручению Президиума Верховного Совета СССР вручил училищу Знамя части.
.     
В 1951 году была введена специализация по трем специальностям: штурманской, артиллерийской и минно-торпедной. Преподавательским составом менее чем за три месяца были разработаны и созданы новые учебные планы и программы, и с 1 октября 1951 года все четыре курса высшего училища приступили к занятиям уже по новым учебным планам и программам.

 5 октября 1952 года училище провело свой первый выпуск офицеров с вручением лейтенантских погон и с указанием должностей на кораблях и подводных лодках.

3 мая 1954 года приказом Главнокомандующего ВМС СССР Балтийское училище было переименовано в 1-е Высшее военно-морское училище подводного плавания. Но специализироваться по новому подводному профилю оно начало уже с сентября 1953 года, когда в училище было сформировано два факультета по двум основным специальностям: штурманской и минно-торпедной. Сначала на новый профиль подготовки перешли младшие курсы, а затем и все училище.

20 ноября 1954 года училище подводного плавания произвело свой первый выпуск. Государственная экзаменационная комиссия, возглавляемая заместителем начальника Военно-Морской Академии, известным балтийским подводником контр-адмиралом Л.А. Курниковым, высоко оценила знания курсантов и их практические навыки как специалистов-подводников.

В 1958 году, в 40-ю годовщину ВЛКСМ, училищу было присвоено имя Ленинского комсомола. С тех пор оно стало называться Высшим военно-морским училищем подводного плавания имени Ленинского комсомола.
1 октября 1958 года был образован Факультет ракетного вооружения подводных лодок, предназначенный для подготовки офицеров-ракетчиков с высшим военно-специальным образованием

В 1960 году начался новый этап в истории училища, связанный с переходом его на командно-инженерный профиль подготовки офицерских кадров с пятилетним сроком обучения. В короткий срок в училище были созданы новые кафедры, лаборатории и кабинеты с новыми образцами современного оружия и техники и вновь были разработаны новые учебные планы и программы.

В 1961 году был расформирован штурманский факультет, а кафедра кораблевождения стала общеучилищной.

В 1962 году училище произвело первый выпуск офицеров-подводников, которые готовились по пятилетнему учебному плану командно-инженерного профиля. Имея хороший уровень специальной подготовки и обладая необходимыми командирскими качествами, многие офицеры этого выпуска добились высоких результатов в своей дальнейшей службе на флоте.

В 1965 году был построен новый лабораторный корпус, в котором разместился факультет со своими кафедрами и учебной техникой. В том же году факультет начал готовить выпускников и по специальности «Крылатые ракеты ПЛ», для чего учебно-материальную базу пополнили стендами и тренажерами по комплексам крылатых ракет.

30 октября 1968 года  за успешное выполнение задач по подготовке офицерских кадров училище награждено памятным знаменем ЦК ВЛКСМ.

В октябре 1976 года за успехи в коммунистическом воспитании курсантов комсомольская организация училища награждена переходящим Красным знаменем Ленинградского обкома комсомола.

В 1977 году по ходатайству начальника училища вице-адмирала Г.Л. Неволина  был вновь восстановлен штурманский факультет ПЛ.

В 1978 году в училище была создана Проблемная научно-исследовательская лаборатория повышения эффективности и качества изучения, освоения и эксплуатации ракетных комплексов стратегического назначения (ПНИЛ), получившая статус головной организации по исследованию общих научно-методических проблем освоения сложных комплексов вооружения и военной техники ВМФ.

В 1980 году прекратилось обучение по специальности «крылатые ракеты ПЛ» в связи с переводом обучения данных специалистов в Черноморское ВВМУ им. П.С. Наимова.

8 апреля 1988 года комсомольская организация училища награждена Почетным знаменем ЦК ВЛКСМ «Лучшей комсомольской организации ВМУЗ».

В 1993 году в училище была возобновлена подготовка специалистов по обслуживанию ракетных комплексов, вооруженных крылатыми ракетами, и начато обучение курсантов по специальности «Корабельные спецбоеприпасы»  (также переведенной из ЧВВМУ им. П.С, Нахимова).

1 ноября 1998 года создан Санкт-Петербургский Военно-морской институт на базе слияния ВМОЛКУ им. М.В. Фрунзе и ВВМУПП им. Ленинского комсомола.

28 января 2001 года институту присвоено название «Морской корпус Петра Великого – Санкт-Петербургский Военно-морской институт».

22 декабря 2002 года приказом Главнокомандующего ВМФ  за достигнутые успехи в подготовке квалифицированных кадров лаборатории минного оружия присвоено почетное наименование «Учебная лаборатория имени профессора А.Б. Гейро».