Кафедра боевой подготовки была создана в 1991 году для дальнейшего улучшения организации и качества подготовки командира корабельного подразделения по вопросам тактической, специальной и общей подготовки. Кафедра была сформирована на базе ранее существовавших двух кафедр: морской практики, переименованной в 1987 году в кафедру боевой подготовки, и кафедры тактики морской пехоты и общевоинских уставов. С образованием Санкт-Петербургского военно-морского института в 1998 году кафедре вернули прежнее название – «Морской практики». Первым начальником кафедры боевой подготовки с 1987 по 1989 год был выпускник нашего училища, бывший командир подводной лодки капитан 1 ранга А.П. Селиверстов. В 1989 году его сменил кандидат военных наук капитан 1 ранга А.А. Макаренко. В последние годы кафедрой руководил выпускник училища 1976 года опытный подводник, который пришел служить в свое родное училище с должности заместителя командира дивизии ракетных атомных подводных лодок, капитан 1 ранга В.Я. Шалимов. Заместителем его являлся опытный офицер морской пехоты полковник К.К. Михолап. В настоящее время кафедру морской практики возглавляет  выпускник училища 1985 года бывший командир подводной лодки капитан 1 ранга О.В.Черняев.
На кафедре боевой подготовки курсанты изучали следующие дисциплины: управление маневрами корабля и морская практика; Общевоинские Уставы Вооруженных Сил; организация методики боевой подготовки; строевая и огневая подготовка; тактика морской пехоты. После объединения училищ последние три дисциплины были заменены на: управление подразделением в мирное время; управление кораблем; менеджмент и маркетинг; экономика и управление предприятием, а дисциплина «Общевоинские Уставы ВС» дополнилась изучением Корабельного Устава ВМФ.
Курсантам передавали свои знания, богатый опыт службы на флотах в различных должностях высококвалифицированные офицеры, много лет прослужившие на подводных лодках и в частях морской пехоты. Среди них доктор военных наук профессор контр-адмирал запаса Ю.К. Шилин, доктор экономических наук профессор капитан 1 ранга запаса С.Г. Плещиц, доценты капитаны 1 ранга В.П. Зайцев и А.Н. Гаврик, капитан 1 ранга В.Я. Шалимов, полковник К.К. Михолап. Профессор С.Г. Плещиц и доцент В.П. Зайцев продолжают трудиться на кафедре в настоящее время.
В учебном кабинете «Управление маневрами корабля» курсанты на тренажере «Вахтенный офицер» закрепляли теоретические знания, полученные на лекциях. В стрелковом тире они обучались стрельбе из личного оружия. В период начальной военно-морской подготовки именно на кафедре «Морской практики» курсанты получают понятие о флоте, обучаются гребле, хождению под парусом, получают азы морской службы. В течение всего пятилетнего периода обучения все это закрепляется на занятиях и корабельных практиках под руководством преподавателей кафедры. Только на этой кафедре выпускники обучаются управлять кораблем в комплексе, опираясь на знания, полученные на других кафедрах по конкретным узким дисциплинам. Именно здесь прививаются и шлифуются навыки управления будущих вахтенных офицеров и командиров подразделений, т.к. все дисциплины кафедры связаны с процессом управления.
В 1993 году кафедра была ведущим разработчиком нового комплексного курса подготовки командира подразделения в мирное время, который в дальнейшем трансформировался в отдельную дисциплину. Основную разработку материалов курса выполнил доцент кафедры кандидат военных наук капитан 1 ранга А.Н. Гаврик. В училище, одном из первых морских учебных заведений, силами кафедры был создан строевой плац со стендами с новыми образцами военной формы. Подполковником В.А. Живодеровым был разработан нарукавный знак училища. В данное время он стал атрибутом формы одежды военнослужащих училища. Большую работу по созданию и совершенствованию учебно-материальной базы проводили полковник К.К. Михолап, старший прапорщик Т.А. Нигматуллин, мичман В.В. Новаковский, служащий В.В. Закорко.
Большую роль в подготовке офицеров подводников играет учебная практика на кораблях флота и стажировка выпускников на подводных лодках. Практика на кораблях флота наилучшим образом дает возможность проверить у будущих офицеров-подводников их морские качества, моральную стойкость, психологическую и физическую выносливость, теоретическую и практическую подготовку. Ежегодно курсанты 2, 3 и 4 курсов совершают походы на учебных кораблях. В дальних походах они приобретают навыки несения вахтенной службы, выполняют корабельные работы, участвуют во всех общекорабельных мероприятиях. Только в морских походах на учебных и боевых кораблях и подводных лодках вырабатываются качества необходимые для успешной службы на флоте, крепнет любовь к морю, кораблю, своему делу, Родине. В период практик и походов на учебных кораблях преподаватели капитаны 1 ранга В.П. Зайцев, Н.Т. Кичев, А.Н. Гаврик передавали свой опыт курсантам. Большой вклад вносят в деятельность кафедры доцент кафедры кандидат военных наук капитан 1 ранга Сухоцкий В.С. (выпускник училища 1987 года) и капитан 2 ранга Епихин А.В.
В условиях изменившейся политической и экономической обстановки в стране кафедра «Морской практики» продолжает выполнять главную задачу: подготовку высококвалифицированных и преданных Родине офицеров-подводников. На кафедре ответственно понимают, что ни один кабинет, ни один тренажер не заменит ходового мостика боевого корабля, как ни одна книга или фильм о море не заменит самого моря.