В 1993 году после расформирования Черноморского ВВМУ имени П.С. Нахимова училищу было предписано обучение курсантов по специальности «Корабельные спецбоеприпасы». Первые курсанты данной специальности 2 и 3 курсов прибыли в училище в мае 1993 года. Обучение по специальности до создания кафедры «Специального вооружения» проводилась силами преподавателей ВМА им. Н.Г. Кузнецова и на ее учебно-материальной базе. Большую и неоценимую помощь в этот период оказали преподаватели кафедры «Специального вооружения» ВМА им. Н.Г. Кузнецова кандидаты технических наук, профессоры, капитан 1 ранга в отставке А.П.Чаусов и капитан 1 ранга В.Н.Неганов. Директивами Генерального штаба ВС РФ и Главного штаба ВМФ была создана кафедра  «Специального вооружения» на минно-торпедном факультете ВВМУПП им. Ленинского комсомола.
Начальником кафедры был назначен капитан 1 ранга Анатолий Александрович Михайлов. Первыми педагогами кафедры были назначены:  кандидат технических наук, профессор капитан 1 ранга  запаса А.П.Чаусов; капитаны 2 ранга И.В. Боков, С.А. Марков, В.П. Пахальчук и подполковник М.А. Бодров.    
В июле 1993 года был произведен первый набор курсантов на 1 курс по специальности «Корабельные специальные боеприпасы», а в сентябре 1993 года были сформированы учебные классы и начато обучение курсантов 3-5 курсов, переведенных из ЧВВМУ им. П.С. Нахимова. Сложность обучения курсантов на кафедре в начальный период заключалась в том, что отсутствовали помещения, необходимое количество учебной литературы, учебно-материальная база и достаточный педагогический опыт большинства преподавателей. Прибывшие курсанты, до создания учебно-материальной базы, занимались в ВМА им. Н.Г. Кузнецова. Первый выпуск произошел в 1994 году.
В выделенных под кафедру помещениях строительная подготовка, ремонт и монтажные работы оборудования велись более 2 лет. 1 декабря 1995 года состоялось торжественное открытие кафедры, а с 1 февраля 1996 года в помещении кафедры начались занятия. В течение 1996 года была создана учебно-материальная база и секретная библиотека, получено и смонтировано специальное вооружение. Учебные аудитории, специализированные классы, сборочные залы и другие помещения кафедры объединены в локальную зону, созданную в соответствии с требованиями, которые предъявляются к специальным сооружениям ремонтно-технических баз. На занятиях практической направленности начали активно использоваться современные образцы учебной техники, контрольно-измерительной аппаратуры и другие средства эксплуатации, позволяющие проводить качественную подготовку будущих специалистов.
С 2000 года кафедра принимает активное участие в работе приемной комиссии, проводит индивидуальный отбор абитуриентов по специальности. В результате чего по итогам учебного года курсанты специальности «Корабельные спецбоеприпасы» занимают лидирующее место в институте по учебе, дисциплине, а сборные команды спецклассов неоднократно завоевывали кубки и призовые места на различных спортивных соревнованиях.
В целях повышения эффективности управления специальной деятельностью и служебным делопроизводством в январе 2003 года кафедра СВ выведена из состава минно-торпедного факультета и подчинена непосредственно начальнику института. После увольнения в запас А.А.Михайлова кафедру возглавил капитан 1 ранга, доцент И.В.Боков, а настоящее время кафедрой руководит капитан 1 ранга, доцент А.Д.Андреев. На кафедре трудится высоко профессиональный профессорско-преподавательский состав: капитаны 2 ранга С.Б.Строганов, С.В.Котельников, А.П. Перепелица; кандидаты технических наук профессор А.П.Чаусов, доцент В.Ю. Каралюн; доценты Н.Н.Васильев, И.В.Боков, А.О.Кононок; служащий М.А.Бодров, и капитан 3 ранга А.И.Липкин. Учебно-вспомогательный персонал обеспечивает проведение образовательного процесса, поддержание вооружения и военной техники в образцовом состоянии, а также развитие и совершенствование учебно-материальной базы кафедры. На кафедре трудятся: Первушин А.А., Шемякин А.Ю., Чернышев С.В., Садовский А.Ф., Рогов Д.А., Лаптев Д.Д., Кабанов С.В. и Матвейчук К.В..
На сегодняшний день кафедра специального вооружения СПб ВМИ является полноценным, динамично развивающимся учебно-научным подразделением, способным качественно решать все стоящие перед ним задачи, главной из которых является подготовка новых поколений специалистов по эксплуатации самого мощного оружия в Вооружённых силах Российской Федерации.