На кафедре общественных наук  до объединения был сформирован новый цикл учебных дисциплин в который входили: история, философия, экономика, социология, политология, культурология, психология и педагогика, правоведение, и которые  соответствовали государственному стандарту. В дисциплину правоведение был включен раздел  «Международное право и его военные аспекты. Международное морское право». После объединения училищ кафедры общественных наук были в 1999 году объединены в одну кафедру, которая получила название «Кафедра гуманитарных и социально-экономических дисциплин. К ранее существующим дисциплинам была добавлена еще одна – социология. Начальником кафедры в училище в этот период были кандидат экономических наук, профессор полковник А.А. Гуржий, а затем кандидат исторических наук, доцент капитан 1 ранга Б.А. Момот. После объединения, до 2002 года, кафедру возглавлял доктор политических наук, заслуженный военный специалист РФ, профессор капитан 1 ранга Н.С. Лабуш (в настоящее время – заместитель декана факультета журналистики СПбГУ, продолжает преподавать на кафедре). С 2002 до 2005 года кафедру возглавлял кандидат философских наук капитан 1 ранга А.А. Гоголкин (в н.в. глава администрации 7 муниципального округа Василеостровского района). С 2005 года начальником кафедры являлся доктор политических наук, доцент С.А. Шатравин, а заместителем начальника кафедры – капитан 1 ранга И.В. Осипчук.
На кафедре в училище подводного плавания трудились: доцент кандидат исторических наук А.С. Игнатенко, кандидат философских наук доцент Т.М. Колосков, кандидат психологических наук, доцент Н.В. Круглеевский; старшие преподаватели: подполковник юстиции А.Н. Востриков, капитан 2 ранга В.П. Арзамасцев, капитан 2 ранга Ю.А. Вершинин и подполковник В.Н.Георгица.
В настоящее время на кафедре преподают доктор философских наук профессор В.К.Карнаух; кандидат философских наук профессор А.С. Лебедев; кандидат исторических наук доцент Н.К. Жигулов; кандидат исторических наук доцент А.А. Кулев; кандидат исторических наук доцент М.А. Елизаров; кандидат экономических наук доцент Н.В. Степанчук; кандидат социологических наук А.Б. Бадьянов; кандидат экономических наук доцент В.В. Куцевский; преподаватели В.В. Платонов, В.И. Лутченко, В.А. Яснов, О.А. Лобанова и капитан 2 ранга А.А. Блюдёнов. Заведующими методическими кабинетами являются И.В.Яковлева и Н.М.Малкина.
В рассматриваемый период главными целями кафедры являются формирование личности офицера, его общей и военно-профессиональной культуры; выработка умения анализировать и прогнозировать ход общественных процессов в военном деле, в их диалектическом единстве; воспитание у курсантов чувства долга, чести, достоинства офицера ВМФ, любви к флотской службе; формирование устойчивых моральных и нравственных убеждений, общей и политической культуры; выработка умения прогнозировать социальные процессы в воинских коллективах с учетом происходящих изменений в ВМФ России и постепенным переводом их на профессиональную основу; привитие курсантам навыков ведения воспитательной работы в первичном воинском коллективе.
Программы и проводимые учебные занятия имеют четко определенную воспитательную направленность на формирование у будущих офицеров высоких личностных и военно-профессиональных качеств. Основной упор сделан на воспитание патриотов Родины, привитие будущим флотским офицерам ответственности за государство, его безопасность в новых геополитических, стратегических и социально-экономических условиях. Преподавательский состав кафедры, имея высокий общеобразовательный уровень подготовки, опыт службы на кораблях и частях ВМФ, проводит учебно-воспитательную работу с курсантами в тесной связи с практикой.
Методическая работа на кафедре направлена на совершенствование методики, повышение эффективности и качества проведения всех видов учебных занятий, повышение педагогического мастерства профессорско-преподавательского состава, совершенствование организации учебно-воспитательного процесса. Педагогический состав кафедры постоянно участвует в учебно-методических сборах, проводимых в институте, и методических межвузовских конференциях. Предметно-методическая комиссия, которую возглавлял капитан 2 ранга А.А. Антипов, разработала рекомендации выпускникам училища по формированию морально-политической и эмоционально-волевой устойчивости воинского коллектива в условиях службы на кораблях ВМФ.
Организация научной работы кафедры направлена на разработку плановых учебных пособий, участие в научных конференциях, семинарах, подготовку диссертаций, руководство научной работой курсантов. Тематика научных исследований актуальна, она направлена на совершенствование образовательного процесса, исследование проблем обучения и воспитания курсантов в современных условиях, подготовку их к проведению воспитательной работы в подразделении.
Профессорско-преподавательским составом подготовлено и опубликовано более 40 учебно-методических пособий по различным проблемам общественного развития. Наиболее активно в этом направлении работали капитан 2 ранга, доцент В.П. Арзамасцев, подполковник юстиции, доцент А.Н. Востриков и подполковник В.Н. Георгица, капитан 1 ранга А.А. Гоголкин, капитан 2 ранга А.Б.Бадьянов. Особую значимость имели публикации капитана 1 ранга П.В. Середюка. Главную задачу воспитательной работой преподаватели кафедры видят в усилении нравственного, эстетического, правового воспитания.