На кафедре высшей математики в период 80–90-х годов интенсивно проводилась работа по совершенствованию учебно-воспитательного процесса и методического мастерства преподавателей. Главной отличительной чертой разработанных на кафедре учебных и методических пособий являлось то, что в нем все теоретические положения подкреплялись примерами по тактике, боевому применению и эксплуатации оружия и технических средств. Наибольшую активность в проведении этой работы проявили заведующий кафедрой кандидат технических наук, доцент Г.И. Митрофанов, кандидат физико-математических наук доцент Н.А. Жарковская, кандидат технических наук, доцент А.Г. Ващилло, старшие преподаватели Л.В. Коновалова и О.Г. Журова, преподаватель Н.Д. Прокаева. В этот период на кафедре математики практически заново была создана материально-техническая база. Высокий уровень оснащения кафедры техническими средствами обучения, используемыми в учебном процессе, особо отмечался при аттестации училища в ноябре 1991 года. Преподаватели кафедры математики являются инициаторами проведения работы по компьютеризации учебного процесса. Внедрению в учебный процесс компьютерной технологии во многом способствуют созданные кандидатом технических наук доцентом Г.И. Митрофановым методические пособия по разработке обучающих программ, которыми пользуются преподаватели. Весомый вклад в компьютеризацию учебного процесса внесли кандидат технических наук доцент Б.И. Шапошников, старший преподаватель Б.А. Анисифоров, кандидат физико-математичес-ких наук А.С.Мальков, преподаватель Т.Ф. Отрадных и ассистент И.А. Романенко. Большую помощь преподавателям в деле внедрения в учебный процесс компьютерной технологии оказывают заведующая учебным кабинетом Е.Л. Осипенкова и лаборант Е.В. Киселева. За достигнутые успехи в руководстве кафедрой математики Г.И. Митрофанов старейший преподаватель училища – в 1996 году был удостоен звания профессора.
В 1997 году в должность заведующего кафедрой вступил кандидат технических наук доцент Б.И. Шапошников, имеющий большой опыт работы по обучению и воспитанию курсантов, автор двух учебников по специальной дисциплине и многих учебно-методических пособий.
После объединения училищ в 1998 году объединены были и кафедры. Заведующей объединенной кафедры, которая получила название кафедра математики и математических методов моделирования, стала доктор технических наук, профессор Галина Анатольевна Дегтяренко, которая руководила кафедрой до 2003 года. В этот период был издан учебник «Высшая математика и ее использование в математическом моделировании» в 6 книгах, подготовленный коллективом авторов в составе Г.А.Дегтяренко, С.И.Мазовер и И.В.Пехенько. Он является первым, с ХIХ века, учебником по математике, изданным специально для курсантов высших военно-морских учебных заведений. Данный учебник написан на основе многолетнего опыта чтения лекций и проведения практических занятий, в нем сделан уклон на прикладную направленность и большое число примеров применения математических методов моделирования при решении как классических, так и специфических военных задач.
С 2003 года кафедрой заведует кандидат технических наук, доцент Ольга Оттовна Леонова, которая является лауреатом гранта для преподавателей вузов Министерства обороны Фонда В.Потанина. На кафедре очень хорошо поставлена работа по росту научных кадров. С 1998 года на кафедре были защищены 4 кандидатские и одна докторская диссертация. В настоящее время на кафедре трудятся 12 человек преподавательского состава и 2 заведующие методическими кабинетами, в том числе 2 доктора и 7 кандидатов наук:  заместитель  начальника кафедры доктор физико-математических наук, доцент О.А.Аксенова; заслуженный деятель науки РФ доктор технических наук, профессор Г.А.Дегтяренко; кандидаты физико-математических наук, доценты М.А.Иванов, М.Ю.Федорова и И.В.Пехенько; кандидаты технических наук Е.Ю.Борисова и доценты Л.Г.Печникова и Е.В.Черкасова; доцент Б.А.Анисифоров; старшие преподаватели Т.Ф.Отрадных и Н.В.Тихонова, а также заведующие кафедральными методкабинетами служащие Н.Д.Мануйлова и Л.В.Федорова. Преподаватели кафедры регулярно участвуют во всероссийских и международных научных конференциях.    
За последнее время значительно улучшилась учебно-материальная база кафедры. Оборудован компьютерный класс с мультимедийной установкой. Все это позволяет использовать при проведении лекций и практических занятий современные технические средства обучения. Много внимания на кафедре уделяется совершенствованию военно-научной работы курсантов: организуются общеинститутские олимпиады по математике среди курсантов 1 и 2 курсов, конкурсы на лучшую научную работу и лучшее выполнение курсовой работы; осуществляется подготовка команд института для участия в городских и Всеармейских математических олимпиадах. На этих олимпиадах курсанты неоднократно занимали призовые места.
Основным направлением работы кафедры является совершенствование образовательного процесса на основе новых информационных технологий.